Unipeptを使用したハイスループットメタプロテオミクスデータ分析：チュートリアル

近年、Shotgun Metaproteomicsは、複雑な生態系と微生物コミュニティの構成を研究するための重要なツールとしての地位を確立しています。メタプロテオミクスデータ分析の2つの重要なステップは、特定されたペプチドからのタンパク質の推論と、これらのタンパク質の分類学的起源と機能の決定です。したがって、このチュートリアルでは、このようなメタテロミクスデータ分析のためのプラットフォームに依存しないツールとして、ユニペプトコマンドラインインターフェイス（http://unipept.ugent.be/clidocs）を紹介します。最初に、利用可能なユニペプトコマンドとその機能の詳細な概要が与えられます。次に、単一のコマンドラインインターフェイスのパワーは、単一のトリプティックペプチドを分析する2つのケーススタディと、それぞれショットガンメタロテミクス実験から回収されたペプチドのセットを使用して示されています。最後に、これらのコマンドラインツールを使用して得られた分析結果は、Unipept Webサイトで入手可能なインタラクティブな分類分析と比較されます。

In recent years, shotgun metaproteomics has established itself as an important tool to study the composition of complex ecosystems and microbial communities. Two key steps in metaproteomics data analysis are the inference of proteins from the identified peptides, and the determination of the taxonomic origin and function of these proteins. This tutorial therefore introduces the Unipept command line interface (http://unipept.ugent.be/clidocs) as a platform-independent tool for such metaproteomics data analyses. First, a detailed overview is given of the available Unipept commands and their functions. Next, the power of the Unipept command line interface is illustrated using two case studies that analyze a single tryptic peptide, and a set of peptides retrieved from a shotgun metaproteomics experiment, respectively. Finally, the analysis results obtained using these command line tools are compared with the interactive taxonomic analysis that is available on the Unipept website.