スワブからの16Sシーケンスによる副鼻腔微生物叢の特性評価

新しい培養に依存しない微生物学的方法は、粘膜表面の微生物群集が皮質の健康と病気にどのように影響するかについての理解におけるパラダイムの変化につながります。伝統培養ベースのプロトコルは、抗生物質療法を誘導し、細菌を根絶するために特定の病原体を特定するように設計されていましたが、新しい分子技術により、多様なコミュニティで培養可能な細菌と非摂取性の両方の細菌の両方を特定できます。分子技術の使用における最近の爆発の結果として、私たちは、共生細菌が宿主の免疫応答を調節し、恒常性を促進する方法を理解しています。ここでは、sinonasalスワブから混合コミュニティゲノムDNAを抽出するための詳細な方法、定量的PCRを使用した細菌16S RRNA遺伝子の増幅、および最も一般的に使用されるシーケンスプラットフォームの次世代シーケンスのためのサンプルの準備を含む、マイクロビオームシーケンスの一般的なワークフローについて説明します。。

New culture-independent microbiology methods are leading to a paradigm shift in our understanding of how the microbial community at the mucosal surface impacts sinonasal health and disease. Whereas traditional culture-based protocols were designed to identify specific pathogens in order to direct antibiotic therapies and eradicate bacteria, newer molecular techniques allow for the identification of both culturable and nonculturable bacteria in diverse communities. As a result of the recent explosion in the use of molecular techniques, we are gaining an understanding of how commensal bacteria may help modulate the host immune response and promote homeostasis. Here, we describe the general workflow of microbiome sequencing including the detailed methods for extracting mixed-community genomic DNA from sinonasal swabs, amplifying bacterial 16S rRNA genes using quantitative PCR, and preparing the samples for next-generation sequencing on the most commonly used sequencing platforms.