miR4646関連メチル化軌跡は、思春期のうつ病で低メチル化されています

背景：青年におけるエピジェネティクスと転写活性の研究は、うつ病の予防戦略に関する知識を提供するかもしれません。 方法：2つの別々のコホートで、青年のうつ病のメチローム全体の関連研究（MWAS）およびコホート検証分析を提示します：発見（n = 93）と検証データセット1（n = 78）。ゲノム全体のメチル化パターンは、イルミナ450Kアレイを使用して全血から測定されました。2番目の検証コホートである検証データセット2は、落ち込んだ成人の死後脳生検で構成されています（n = 58）。うつ病の修正されたリスクスコア評価に対して、メチル化の堅牢な複数の線形回帰によるMWAを実行しました。候補CPG部位のメチル化レベルは、11人の健康なボランティアの独立したコホートにおける関連遺伝子の発現レベルと相関していた。 結果：2つのCPG部位のメチル化状態は、青年のうつ病の評価を確実に予測しました（CG13227623およびCG04102384）（P <10E-06）。コホート検証分析により、MicroRNA 4646（miR4646）のプロモーター領域にあるCG04102384-検証データセット1と検証データセット2（P <0.05）の両方で低メチル化されるCG04102384が確認されました。CG04102384は、健康なコントロールのmiR4646-3pの発現レベルと逆相関していました（P <0.05）。 制限：miR4646は、QRT-PCR測定によって測定された思春期のうつ病のサンプルのサブセットで差別的に発現していませんでした。 結論：青年のうつ病に関連する特定のmiR4646関連のエピジェネティックリスク部位を特定します。CG04102384は、miR4646-3pの遺伝子発現を推定的に調節します。標的遺伝子予測と遺伝子セットの過剰表現分析により、このmiRNAの脂肪酸伸長における関与は、以前にうつ病に関連するオメガ3脂肪酸に関連するプロセスであることが明らかになりました。

BACKGROUND: Studies of epigenetics and transcriptional activity in adolescents may provide knowledge about possible preventive strategies of depression. METHODS: We present a methylome-wide association study (MWAS) and cohort validation analysis of depression in adolescents, in two separate cohorts: discovery (n=93) and validation data set 1 (n=78). The genome-wide methylation pattern was measured from whole blood using the Illumina 450K array. A second validation cohort, validation data set 2, consists of post-mortem brain biopsies from depressed adults (n=58). We performed a MWAS by robust multiple linear regressions of methylation to a modified risk-score assessment of depression. Methylation levels of candidate CpG sites were correlated with expression levels of the associated gene in an independent cohort of 11 healthy volunteers. RESULTS: The methylation state of two CpG sites reliably predicted ratings of depression in adolescents (cg13227623 and cg04102384) (p<10E-06). Cohort validation analysis confirmed cg04102384 - located in the promoter region of microRNA 4646 (MIR4646) - to be hypomethylated in both validation data set 1 and validation data set 2 (p<0.05). Cg04102384 was inversely correlated to expression levels of MIR4646-3p in healthy controls (p<0.05). LIMITATIONS: MIR4646 was not differentially expressed in a subset of samples with adolescent depression measured by qRT-PCR measurements. CONCLUSION: We identify a specific MIR4646 associated epigenetic risk site to be associated with depression in adolescents. Cg04102384 putatively regulates gene expression of MIR4646-3p. Target gene prediction and gene set overrepresentation analysis revealed involvement of this miRNA in fatty acid elongation, a process related to omega-3 fatty acids, previously associated with depression.