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International journal of systematic and evolutionary microbiology2017Jul01Vol.67issue(7)

Leuconostoc Mesenteroides subsp jonggajibkimchii subsp novおよびleuconostoc mesenteroides subsp suionicum(Gu et al、2012)の再分類の提案Leuconostoc suionicum sp sp as sp novは、完全なゲノム配列に基づいています。

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文献タイプ:
  • Journal Article
概要
Abstract

Leuconostocmesenteroidesの4つの亜種の型株、L。mesenteroidessubsp。Mesenteroides、L。mesenteroidessubsp。Cremoris、L。mesenteroidessubsp。DextranicumおよびL. Mesenteroidessubsp。Suionicum、および韓国での市販のキムチ生産のスターター文化として使用されるSuionicum、および株DRC1506Tは、完全なゲノム配列に基づいて系統発生的に分析されました。4つのL.メセンテロイド亜種と株DRC1506Tの型株は、非常に高い16S rRNA遺伝子配列の類似性(> 99.72%)を共有しましたが、平均ヌクレオチド同一性(ANI)の分析の結果、シリコDNA-DNAハイブリダイゼーション(DDH)およびコアゲノームベースの関連性は、5つの異なる系統系統を形成できることを示しました。L. mesenteroidessubspの型株。Mesenteroides、L。mesenteroidessubsp。CremorisおよびL. Mesenteroidessubsp。DextranicumとDRC1506Tは、異なる種の描写に一般的に受け入れられているしきい値(それぞれ95-96%と70%)よりも高いANIとシリコDDH値を共有しましたが、L。mesenteroidEssubspの型株。Suionicum(DSM 20241T)は、他の4つのL. Mesenteroides系統株と低いANI(<94.1%)とシリコDDH値(<57.0%)を共有し、DSM 20241Tが別の種を表すものとして再分類できないことを示しています。ここでは、DRC1506TがLeuconostoc mesenteroidessubspという名前のLeuconostoc Mesenteroides種内の新しい亜種を表していることを報告します。Jonggajibkimchii subsp。11月。提案されています。型ひずみはDRC1506T(= KCCM 43249T = JCM 31787T)です。さらに、L。mesenteroidessubsp。Suionicumは、Leuconostoc suionicumとしても再分類されています。sp。11月。(タイプひずみDSM 20241T = ATCC 9135T = LMG 8159T = NCIMB 6992T)。

Leuconostocmesenteroidesの4つの亜種の型株、L。mesenteroidessubsp。Mesenteroides、L。mesenteroidessubsp。Cremoris、L。mesenteroidessubsp。DextranicumおよびL. Mesenteroidessubsp。Suionicum、および韓国での市販のキムチ生産のスターター文化として使用されるSuionicum、および株DRC1506Tは、完全なゲノム配列に基づいて系統発生的に分析されました。4つのL.メセンテロイド亜種と株DRC1506Tの型株は、非常に高い16S rRNA遺伝子配列の類似性(> 99.72%)を共有しましたが、平均ヌクレオチド同一性(ANI)の分析の結果、シリコDNA-DNAハイブリダイゼーション(DDH)およびコアゲノームベースの関連性は、5つの異なる系統系統を形成できることを示しました。L. mesenteroidessubspの型株。Mesenteroides、L。mesenteroidessubsp。CremorisおよびL. Mesenteroidessubsp。DextranicumとDRC1506Tは、異なる種の描写に一般的に受け入れられているしきい値(それぞれ95-96%と70%)よりも高いANIとシリコDDH値を共有しましたが、L。mesenteroidEssubspの型株。Suionicum(DSM 20241T)は、他の4つのL. Mesenteroides系統株と低いANI(<94.1%)とシリコDDH値(<57.0%)を共有し、DSM 20241Tが別の種を表すものとして再分類できないことを示しています。ここでは、DRC1506TがLeuconostoc mesenteroidessubspという名前のLeuconostoc Mesenteroides種内の新しい亜種を表していることを報告します。Jonggajibkimchii subsp。11月。提案されています。型ひずみはDRC1506T(= KCCM 43249T = JCM 31787T)です。さらに、L。mesenteroidessubsp。Suionicumは、Leuconostoc suionicumとしても再分類されています。sp。11月。(タイプひずみDSM 20241T = ATCC 9135T = LMG 8159T = NCIMB 6992T)。

The type strains of four subspecies of Leuconostocmesenteroides, L. mesenteroidessubsp. mesenteroides, L. mesenteroidessubsp. cremoris, L. mesenteroidessubsp. dextranicum and L. mesenteroidessubsp. suionicum, and strain DRC1506T, used as a starter culture for commercial kimchi production in Korea, were phylogenetically analyzed on the basis of their complete genome sequences. Although the type strains of the four L. mesenteroides subspecies and strain DRC1506T shared very high 16S rRNA gene sequence similarities (>99.72 %), the results of analysis of average nucleotide identity (ANI), in silico DNA-DNA hybridization (DDH) and core-genome-based relatedness indicated that they could form five different phylogenetic lineages. The type strains of L. mesenteroidessubsp. mesenteroides, L. mesenteroidessubsp. cremoris and L. mesenteroidessubsp. dextranicum and DRC1506T shared higher ANI and in silico DDH values than the thresholds (95-96 % and 70 %, respectively) generally accepted for different species delineation, whereas the type strain of L. mesenteroidessubsp. suionicum (DSM 20241T) shared lower ANI (<94.1 %) and in silico DDH values (<57.0 %) with the other four L. mesenteroides lineage strains, indicating that DSM 20241T couldn be reclassified as representing a different species. Here, we report that DRC1506T represents a novel subspecies within the species Leuconostoc mesenteroides, for which the name Leuconostoc mesenteroidessubsp. jonggajibkimchii subsp. nov. is proposed. The type strain is DRC1506T (=KCCM 43249T=JCM 31787T). In addition, L. mesenteroidessubsp. suionicum is also reclassified as Leuconostoc suionicum. sp. nov. (type strain DSM 20241T=ATCC 9135T=LMG 8159T=NCIMB 6992T).

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