GRCH38およびGRCM38ゲノムアセンブリ用に再処理されたヒトおよびマウスのfantom5ケージプロファイル

FANTOM5コンソーシアムは、単一分子シーケンスを使用してケージ（遺伝子発現のCAP分析）を使用して、ヒトおよびマウスのプロモーターレベルの発現アトラスを説明しました。元の出版物では、GRCH37/HG19およびNCBI37/MM9アセンブリをそれぞれヒトとマウスの参照ゲノムとして使用しました。その後、ゲノム参照コンソーシアムは、新しいゲノムアセンブリGRCH38/HG38およびGRCM38/MM10をリリースしました。今後の研究でATLASの有用性を高めるために、データを再処理して、最近のゲノムアセンブリで利用できるようにしました。データには、ケージ読み取りの再調整に基づいて、転写開始部位（TSSS）の観測頻度、および前の参照に基づいたものから変換されるTSSピークが含まれます。ピーク名の注釈は、最新のパブリックデータベースに基づいて更新されました。再処理された結果により、最近のゲノムアセンブリでの転写開始の頻度を調べ、ゲノムアセンブリ全体で更新された情報をプロモーターに一貫して紹介することができます。

The FANTOM5 consortium described the promoter-level expression atlas of human and mouse by using CAGE (Cap Analysis of Gene Expression) with single molecule sequencing. In the original publications, GRCh37/hg19 and NCBI37/mm9 assemblies were used as the reference genomes of human and mouse respectively; later, the Genome Reference Consortium released newer genome assemblies GRCh38/hg38 and GRCm38/mm10. To increase the utility of the atlas in forthcoming researches, we reprocessed the data to make them available on the recent genome assemblies. The data include observed frequencies of transcription starting sites (TSSs) based on the realignment of CAGE reads, and TSS peaks that are converted from those based on the previous reference. Annotations of the peak names were also updated based on the latest public databases. The reprocessed results enable us to examine frequencies of transcription initiations on the recent genome assemblies and to refer promoters with updated information across the genome assemblies consistently.