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Protein science : a publication of the Protein Society2018Jan01Vol.27issue(1)

PDBSUM:PDBエントリの構造的要約

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
概要
Abstract

PDBSUMは、Protein Data Bank(PDB)のエントリに関する構造情報を提供するWebサーバーです。分析は主に画像ベースであり、タンパク質二次構造、タンパク質リガンドおよびタンパク質DNA相互作用、構造品質のプロチェック分析、その他多くのものが含まれます。3D構造は、3dmol.jsと呼ばれるRasmol、Pymol、およびJavaScriptビューアでインタラクティブに見ることができます。ユーザーは、独自のPDBファイルをアップロードして、それぞれのパスワードで保護されたPDBSUM分析のセットを取得できます。サーバーは、http://www.ebi.ac.uk/pdbsumで自由にアクセスできます。

PDBSUMは、Protein Data Bank(PDB)のエントリに関する構造情報を提供するWebサーバーです。分析は主に画像ベースであり、タンパク質二次構造、タンパク質リガンドおよびタンパク質DNA相互作用、構造品質のプロチェック分析、その他多くのものが含まれます。3D構造は、3dmol.jsと呼ばれるRasmol、Pymol、およびJavaScriptビューアでインタラクティブに見ることができます。ユーザーは、独自のPDBファイルをアップロードして、それぞれのパスワードで保護されたPDBSUM分析のセットを取得できます。サーバーは、http://www.ebi.ac.uk/pdbsumで自由にアクセスできます。

PDBsum is a web server providing structural information on the entries in the Protein Data Bank (PDB). The analyses are primarily image-based and include protein secondary structure, protein-ligand and protein-DNA interactions, PROCHECK analyses of structural quality, and many others. The 3D structures can be viewed interactively in RasMol, PyMOL, and a JavaScript viewer called 3Dmol.js. Users can upload their own PDB files and obtain a set of password-protected PDBsum analyses for each. The server is freely accessible to all at: http://www.ebi.ac.uk/pdbsum.

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