ONCOKB：精密腫瘍学の知識ベース

目的：腫瘍の前向き臨床シーケンスは、がん治療の主力として出現するため、特定の変異イベントに関連する臨床的影響を標準化された簡単に解釈可能な形式に蒸留する臨床サポートツールが緊急に必要です。この目的のために、私たちは専門家ガイド付き精密腫瘍学知識ベースであるOncokbを開発しました。 方法：ONCOKBは、体細胞分子変化の生物学的および発癌効果と予測的および予測的意義に注釈を付けます。潜在的な治療への影響は、特定の分子変化が米国食品医薬品局（FDA）の標識、国家包括的癌ネットワーク（NCCN）ガイドライン、疾病中心の専門家グループの推奨事項に基づく薬物反応を予測しているという証拠レベルによって層別化されています。文学。 結果：これまでに、418の癌関連遺伝子の3000を超えるユニークな変異、融合、およびコピー数の変化が注釈されています。ONCOKBの有用性をテストするために、5983の原発腫瘍サンプルのすべてのゲノムイベントに19のがんタイプに注釈を付けました。サンプルの41％が少なくとも1つの潜在的に実用的な変化を抱えており、そのうち7.5％は標準治療の臨床的利益を予測していました。ONCOKBアノテーションは、パブリックWebリソース（http://oncokb.org/）を通じて利用でき、がんゲノミクスのためにCbioportalに組み込まれ、医師と研究者によるゲノム変化の解釈を促進します。 結論：包括的かつキュレーションされた精密腫瘍学知識ベースであるONCOKBは、最適な治療の決定をサポートすることを目的として、患者腫瘍に存在する個々の体細胞変異と構造変化に関する詳細な証拠に基づいた情報を腫瘍医に提供します。

PURPOSE: With prospective clinical sequencing of tumors emerging as a mainstay in cancer care, there is an urgent need for a clinical support tool that distills the clinical implications associated with specific mutation events into a standardized and easily interpretable format. To this end, we developed OncoKB, an expert-guided precision oncology knowledge base. METHODS: OncoKB annotates the biological and oncogenic effect and the prognostic and predictive significance of somatic molecular alterations. Potential treatment implications are stratified by the level of evidence that a specific molecular alteration is predictive of drug response based on US Food and Drug Administration (FDA) labeling, National Comprehensive Cancer Network (NCCN) guidelines, disease-focused expert group recommendations and the scientific literature. RESULTS: To date, over 3000 unique mutations, fusions, and copy number alterations in 418 cancer-associated genes have been annotated. To test the utility of OncoKB, we annotated all genomic events in 5983 primary tumor samples in 19 cancer types. Forty-one percent of samples harbored at least one potentially actionable alteration, of which 7.5% were predictive of clinical benefit from a standard treatment. OncoKB annotations are available through a public web resource (http://oncokb.org/) and are also incorporated into the cBioPortal for Cancer Genomics to facilitate the interpretation of genomic alterations by physicians and researchers. CONCLUSION: OncoKB, a comprehensive and curated precision oncology knowledge base, offers oncologists detailed, evidence-based information about individual somatic mutations and structural alterations present in patient tumors with the goal of supporting optimal treatment decisions.