パンキャンサー分析により、CPG島のメチル化剤表現型クラスターにおける顕著なDNAメチル化ドリフトの存在が明らかになります

目的：表現型、DNAメチル化、rNaseQデータを使用することにより、対応する非CIMP-Hサブグループに関連するCPG島のメチル因子表現型（CIMP-H）サブグループの主要なゲノム相関の特性を提供する。 材料と方法：7200を超えるユニークなサンプルを含むがんゲノムAtlasプロジェクトによって生成された23のデータセットを分析しました。監視なしクラスタリングを使用して、23のCIMP-Hクラスターを特定しました。 結果と結論：CIMP-Hクラスターの90％以上が、加速されたエピジェネティックな有糸分裂時計、エンハンサー部位の脱メチル化、バックボーンおよび反復シーケンスと有意に関連していました。CIMP-Hサブグループの大部分で観察される顕著なエピジェネティックドリフトは、細胞分裂速度の増加に関連している可能性があり、DNAメチル化エラーの拡大につながります。これは、組織タイプの大部分でCimp-Hを確立する汎癌メカニズムを説明するかもしれません。

AIM: To provide characteristics of major genomic correlates in CpG island methylator phenotype-high (CIMP-H) subgroups in relation to corresponding non-CIMP-H subgroups by use of phenotypic, DNA methylation and RNAseq data. MATERIALS & METHODS: Twenty-three datasets generated by The Cancer Genome Atlas project encompassing over 7200 unique samples were analyzed. We identified 23 CIMP-H clusters by use of unsupervised clustering. RESULTS & CONCLUSION: More than 90% of CIMP-H clusters were significantly associated with accelerated epigenetic mitotic clock, demethylation of enhancer sites, backbone and repetitive sequences. Pronounced epigenetic drift observed in majority of CIMP-H subgroups may be related to increased cell division rate, which leads to expansion of DNA methylation errors. This may explain pan-cancer mechanism of establishing CIMP-H in majority of tissue types.