JEPEGMIX2：コスモポリタンコホートにおけるEQTLの遺伝子レベルの関節分析の改善

動機：検出力を高めるために、研究者は遺伝子レベル分析方法を使用して、弱いマーカー信号を集約します。生物学的プロセスを制御する遺伝子発現のため、研究者は発現定量的形質遺伝子座（EQTL）のシグナルを凝集させることを提案しました。ほとんどの遺伝子レベルのEQTLメソッドは、（i）ゲノムワイド関連研究（GWAS）および（II）関連する参照パネルからのリンケージの不均衡パターンからの（I）要約統計に基づいて統計的推論を行います。そのようなツールのほとんどは均一なコホートを想定していますが、コスモポリタンコホート（JEPEGMIX）法における機能的SNPの遺伝子レベルの共同分析は、不均一なパネルを使用してコスモポリタンコホートに対応します。ただし、Jepgmixは、古い遺伝子発現研究からの脳EQTLに依存しており、GWAS信号のバックグラウンド濃縮を調整しません。 結果：JEPEGMIXの拡張であるJEPEGMIX2を提案します。JPEGMIXと比較すると、（i）最新の発現研究からのCIS-EQTL SNPと（ii）脳以外の脳脳および組織および組織を使用します。Jepegmix2も（i）バックグラウンド濃縮を調整することにより平均的に濃縮された多遺伝子情報の蓄積を避け、（ii）多数の高度に濃縮された（背景の上）遺伝子を使用した研究の偽陽性率の増加を回避すると、ホルムに基づいて遺伝子Q値を出力しますp値の調整。 可用性と実装：https：//github.com/chatzinakos/jepegmix2。 補足情報：補足データは、バイオインフォマティクスオンラインで入手できます。

MOTIVATION: To increase detection power, researchers use gene level analysis methods to aggregate weak marker signals. Due to gene expression controlling biological processes, researchers proposed aggregating signals for expression Quantitative Trait Loci (eQTL). Most gene-level eQTL methods make statistical inferences based on (i) summary statistics from genome-wide association studies (GWAS) and (ii) linkage disequilibrium patterns from a relevant reference panel. While most such tools assume homogeneous cohorts, our Gene-level Joint Analysis of functional SNPs in Cosmopolitan Cohorts (JEPEGMIX) method accommodates cosmopolitan cohorts by using heterogeneous panels. However, JEPGMIX relies on brain eQTLs from older gene expression studies and does not adjust for background enrichment in GWAS signals. RESULTS: We propose JEPEGMIX2, an extension of JEPEGMIX. When compared to JPEGMIX, it uses (i) cis-eQTL SNPs from the latest expression studies and (ii) brains specific (sub)tissues and tissues other than brain. JEPEGMIX2 also (i) avoids accumulating averagely enriched polygenic information by adjusting for background enrichment and (ii) to avoid an increase in false positive rates for studies with numerous highly enriched (above the background) genes, it outputs gene q-values based on Holm adjustment of P-values. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: https://github.com/Chatzinakos/JEPEGMIX2. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.