CGViewファミリのツールを使用して循環ゲノムを視覚化して比較する

グラフィカルなゲノムマップは、ゲノムの特徴と配列特性を評価するために広く使用されています。CGView（Circular Genome Viewer）ソフトウェアファミリは、細菌、オルガネラ、ウイルスのゲノムマップを生成するためのツールの人気のあるコレクションです。このレビューでは、元のCGViewプログラムの機能と、CGViewサーバーやCGView比較ツールなど、その後のコンパニオンアプリケーションの機能について説明します。また、CGViewのグラフィカルユーザーインターフェイス対応の書き換えであるGviewと、比較ゲノムのコレクションと比較して共有またはユニークなゲノム領域を識別するためのいくつかの統合分析を提供するGviewサーバーについても説明します。私たちは、使いやすさを増やしながら新しい機能を追加することを目的としたCGViewに関連する現在の開発努力についてのいくつかの発言で締めくくります。

Graphical genome maps are widely used to assess genome features and sequence characteristics. The CGView (Circular Genome Viewer) software family is a popular collection of tools for generating genome maps for bacteria, organelles and viruses. In this review, we describe the capabilities of the original CGView program along with those of subsequent companion applications, including the CGView Server and the CGView Comparison Tool. We also discuss GView, a graphical user interface-enabled rewrite of CGView, and the GView Server, which offers several integrated analyses for identifying shared or unique genome regions relative to a collection of comparison genomes. We conclude with some remarks about our current development efforts related to CGView aimed at adding new functionality while increasing ease of use.