SCAPD：ヒト足場タンパク質のデータベース

背景：足場タンパク質は、単純なテザリングメカニズム、経路の選択性の調節、細胞の挙動の形成など、増加する生物学的シグナル伝達プロセスの増加に重要な役割を果たします。多くのデータベースはシグナル伝達経路を文書化しますが、シグナル伝達を薬物化する足場タンパク質に専念するデータベースはほとんどありません。 結果：ここでは、計算的に予測された実験的に検証された足場タンパク質と関連するシグナル伝達経路を説明するために、ユーザーフレンドリーなデータベースSCAPDを開発しました。現在、273個の足場タンパク質と1118個の関連シグナル伝達経路が含まれています。このデータベースを使用すると、ユーザーは足場タンパク質を介したシグナリングネットワークを検索、ナビゲート、ダウンロードできます。 結論：手動でキュレーションされ、予測された足場タンパク質データは、シグナル伝達における足場タンパク質のさらなる調査の基盤となります。最新のデータが維持されているため、SCAPD（http://bioinfo.wilmer.jhu.edu/scapd）は、個々のシグナル伝達経路がどのように調節されるかを理解するための貴重なリソースになります。

BACKGROUND: Scaffold proteins play a critical role in an increasing number of biological signaling processes, including simple tethering mechanism, regulating selectivity in pathways, shaping cellular behaviors. While many databases document the signaling pathways, few databases are devoted to the scaffold proteins that medicate signal transduction. RESULTS: Here, we have developed a user-friendly database, ScaPD, to describe computationally predicted, experimentally validated scaffold proteins and associated signaling pathways. It currently contains 273 scaffold proteins and 1118 associated signaling pathways. The database allows users to search, navigate and download the scaffold protein-mediated signaling networks. CONCLUSIONS: Manually curated and predicted scaffold protein data will be a foundation for further investigation of the scaffold protein in the signal transduction. With maintained up-to-date data, ScaPD ( http://bioinfo.wilmer.jhu.edu/ScaPD ) will be a valuable resource for understanding how individual signaling pathways are regulated.