染色体マイクロアレイの添加と魚および古典的な細胞遺伝学への次世代シーケンスは、骨髄性悪性腫瘍のゲノムプロファイリングを促進します

包括的な遺伝的プロファイリングは、血液腫瘍の臨床検査にとってますます重要になっています。これは、特定の変化が診断特性化、予後層別化、治療の選択に関連しているためです。骨髄性悪性腫瘍の関連する遺伝的およびゲノムの変化を最大限に特徴付けるために、蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）、古典的な核型、染色体マイクロアレイ（CMA）にまたがる包括的な戦略を利用しました。分析。骨髄様スペクトルにまたがる569人の患者のコホートでは、NGSとCMAテストは、TP53、TET2、RUNX1、SRSF2、APC、ATMなどの重要な臨床関連性を持つ遺伝子の大部分の変異とコピー数の変化を頻繁に特定しました。最も重要なことは、NGSとCMAは、魚/細胞遺伝学の検査により正常な症例の75.6％で医学的に実用的な異常を明らかにしたことです。NGSは、CMA、細胞遺伝学、およびFISHにより正常なサンプルの65.5％の変異を特定しましたが、CNVは他のすべての方法論によって正常な10.1％の症例で検出されました。最後に、魚または細胞遺伝学、またはその両方は、NGSまたはCMAが変化を検出できなかった場合の14.1％で異常でした。複数の変異とCNVが共存することがわかっており、患者の層別化に潜在的な影響を与えました。したがって、標的DNAシーケンスとCNV分析を介した高スループットゲノム腫瘍プロファイリングは、従来の方法を補完し、実用的な変化のより頻繁な検出につながります。

Comprehensive genetic profiling is increasingly important for the clinical workup of hematologic tumors, as specific alterations are now linked to diagnostic characterization, prognostic stratification and therapy selection. To characterize relevant genetic and genomic alterations in myeloid malignancies maximally, we utilized a comprehensive strategy spanning fluorescence in situ hybridization (FISH), classical karyotyping, Chromosomal Microarray (CMA) for detection of copy number variants (CNVs) and Next generation Sequencing (NGS) analysis. In our cohort of 569 patients spanning the myeloid spectrum, NGS and CMA testing frequently identified mutations and copy number changes in the majority of genes with important clinical associations, such as TP53, TET2, RUNX1, SRSF2, APC and ATM. Most importantly, NGS and CMA uncovered medically actionable aberrations in 75.6% of cases normal by FISH/cytogenetics testing. NGS identified mutations in 65.5% of samples normal by CMA, cytogenetics and FISH, whereas CNVs were detected in 10.1% cases that were normal by all other methodologies. Finally, FISH or cytogenetics, or both, were abnormal in 14.1% of cases where NGS or CMA failed to detect any changes. Multiple mutations and CNVs were found to coexist, with potential implications for patient stratification. Thus, high throughput genomic tumor profiling through targeted DNA sequencing and CNV analysis complements conventional methods and leads to more frequent detection of actionable alterations.