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マトリックス支援レーザー脱着/イオン化時間照射時間質量分析（MALDI-TOF MS）ベースの微生物識別は、一般的な分析方法です。MALDI-TOF MSが利用できるひずみ溶液プロテオタイピングソフトウェアは、従来の質量フィンガープリントアプローチを超えて、血清型またはひずみレベルでの微生物の正確かつ詳細な識別の大きな可能性があります。ここでは、12のバイオマーカータンパク質で構成されるサルモネラエンテリカ亜種の腸内腸の理論的に計算された質量データベースを構築しました：リボソームタンパク質S8、L15、L17、L21、L25、およびS7、Mn-Cofactor-ontaining superoxide dismutase（ソーダ）、ペプチジルプロリルCIS-transイソメラーゼC（PPIase C）、およびタンパク質GNS、および特徴づけられていないタンパク質YIBT、YAIA、およびYCIFは、サルモネラの血清型録画を可能にします。ひずみ溶液ver。この研究で構築された新しいデータベースを使用した2つのソフトウェアは、主要な発生関連の血清型、enteritidis、Typhimurium、および幼児を含む109株（94％）が、116を使用した植民地指向のMaldi-ToF MSを使用して他の人から正しく特定できることを示しました。培養コレクション、患者、および食品からのS. entericaの23種類のタイプ化されていない血清型に属する株。株溶液ver。2正確な質量データベースと統合されたソフトウェアは、臨床および食品安全分野におけるMALDI-TOF MSベースの微生物分類による細菌プロテオタイピングに役立ちます。
マトリックス支援レーザー脱着/イオン化時間照射時間質量分析（MALDI-TOF MS）ベースの微生物識別は、一般的な分析方法です。MALDI-TOF MSが利用できるひずみ溶液プロテオタイピングソフトウェアは、従来の質量フィンガープリントアプローチを超えて、血清型またはひずみレベルでの微生物の正確かつ詳細な識別の大きな可能性があります。ここでは、12のバイオマーカータンパク質で構成されるサルモネラエンテリカ亜種の腸内腸の理論的に計算された質量データベースを構築しました：リボソームタンパク質S8、L15、L17、L21、L25、およびS7、Mn-Cofactor-ontaining superoxide dismutase（ソーダ）、ペプチジルプロリルCIS-transイソメラーゼC（PPIase C）、およびタンパク質GNS、および特徴づけられていないタンパク質YIBT、YAIA、およびYCIFは、サルモネラの血清型録画を可能にします。ひずみ溶液ver。この研究で構築された新しいデータベースを使用した2つのソフトウェアは、主要な発生関連の血清型、enteritidis、Typhimurium、および幼児を含む109株（94％）が、116を使用した植民地指向のMaldi-ToF MSを使用して他の人から正しく特定できることを示しました。培養コレクション、患者、および食品からのS. entericaの23種類のタイプ化されていない血清型に属する株。株溶液ver。2正確な質量データベースと統合されたソフトウェアは、臨床および食品安全分野におけるMALDI-TOF MSベースの微生物分類による細菌プロテオタイピングに役立ちます。
Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS)-based microbial identification is a popular analytical method. Strain Solution proteotyping software available for MALDI-TOF MS has great potential for the precise and detailed discrimination of microorganisms at serotype- or strain-level, beyond the conventional mass fingerprinting approaches. Here, we constructed a theoretically calculated mass database of Salmonella enterica subspecies enterica consisting of 12 biomarker proteins: ribosomal proteins S8, L15, L17, L21, L25, and S7, Mn-cofactor-containing superoxide dismutase (SodA), peptidyl-prolyl cis-trans isomerase C (PPIase C), and protein Gns, and uncharacterized proteins YibT, YaiA, and YciF, that can allow serotyping of Salmonella. Strain Solution ver. 2 software with the novel database constructed in this study demonstrated that 109 strains (94%), including the major outbreak-associated serotypes, Enteritidis, Typhimurium, and Infantis, could be correctly identified from others by colony-directed MALDI-TOF MS using 116 strains belonging to 23 kinds of typed and untyped serotypes of S. enterica from culture collections, patients, and foods. We conclude that Strain Solution ver. 2 software integrated with the accurate mass database will be useful for the bacterial proteotyping by MALDI-TOF MS-based microbial classification in the clinical and food safety fields.
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