個々のヌクレオチド分解能UV架橋と免疫沈降（ICLIP）タンパク質-RNA相互作用を決定する

RNA結合タンパク質（RBP）は、多くの細胞RNA転写産物の運命と相互作用し、決定します。そうすることで、彼らは細胞生理学における多くの重要な役割を指示するのに役立ちますが、彼らの摂動活動は疾患の病因に寄与する可能性があります。この章では、個々のヌクレオチド分解能UV架橋と免疫沈降（ICLIP）と呼ばれる機能的ゲノミクスアプローチを詳しく説明し、RBPと高スループットおよびヌクレオチド分解能でのRNA標的との相互作用を決定できます。ICLIPは、RBPとターゲットRNAの間に形成されたUV誘導の共有結合架橋を活用して、厳しい条件下でRBP-RNA複合体を精製し、逆転写の停止を引き起こし、高スループットの直接的なクロスリンク部位を識別することにより、これを達成します。シーケンスされたcDNAライブラリ。

RNA-binding proteins (RBPs) interact with and determine the fate of many cellular RNA transcripts. In doing so they help direct many essential roles in cellular physiology, while their perturbed activity can contribute to disease etiology. In this chapter we detail a functional genomics approach, termed individual nucleotide resolution UV cross-linking and immunoprecipitation (iCLIP), that can determine the interactions of RBPs with their RNA targets in high throughput and at nucleotide resolution. iCLIP achieves this by exploiting UV-induced covalent cross-links formed between RBPs and their target RNAs to both purify the RBP-RNA complexes under stringent conditions, and to cause reverse transcription stalling that then identifies the direct cross-link sites in the high throughput sequenced cDNA libraries.