Jaspar 2018：転写因子結合プロファイルとそのWebフレームワークのオープンアクセスデータベースの更新

Jaspar（http://jaspar.genereg.net）は、位置周波数マトリックス（PFM）およびTFフレキシブルモデル（TFFM）としてTFを横断するTFフレキシブルモデル（TFFM）として保存されている、キュレーションされた非冗長転写因子（TF）結合プロファイルのオープンアクセスデータベースです。6つの分類グループの複数の種。Jasparの2018年のリリースでは、コアコレクションは322の新しいPFM（脊椎動物の場合は60、植物で262）で拡張され、33のPFMが更新されました（脊椎動物の場合は24、植物で8、昆虫の場合は1）。これらの新しいプロファイルは、2016年のリリースと比較して30％の拡張を表しています。さらに、316のTFFMSを導入しました（脊椎動物の場合は95、植物では218、昆虫に3つ）。このリリースには、各分類群に同様のPFMのクラスターと、分類群あたりの各TFクラスが組み込まれています。PFMSのJaspar 2018コア脊椎動物コレクションを使用して、ヒトゲノムのTF結合部位を予測しました。予測は、UCSCゲノムブラウザトラックデータハブを通じて科学コミュニティが利用できるようになります。最後に、このアップデートには、インタラクティブでレスポンシブなユーザーインターフェイスを備えた新しいWebフレームワークと、新しい機能が備わっています。すべての基礎となるデータは、RESTFUL APIを使用して、JASPAR 2018 R/BioConductorパッケージを使用してプログラムで取得できます。

JASPAR (http://jaspar.genereg.net) is an open-access database of curated, non-redundant transcription factor (TF)-binding profiles stored as position frequency matrices (PFMs) and TF flexible models (TFFMs) for TFs across multiple species in six taxonomic groups. In the 2018 release of JASPAR, the CORE collection has been expanded with 322 new PFMs (60 for vertebrates and 262 for plants) and 33 PFMs were updated (24 for vertebrates, 8 for plants and 1 for insects). These new profiles represent a 30% expansion compared to the 2016 release. In addition, we have introduced 316 TFFMs (95 for vertebrates, 218 for plants and 3 for insects). This release incorporates clusters of similar PFMs in each taxon and each TF class per taxon. The JASPAR 2018 CORE vertebrate collection of PFMs was used to predict TF-binding sites in the human genome. The predictions are made available to the scientific community through a UCSC Genome Browser track data hub. Finally, this update comes with a new web framework with an interactive and responsive user-interface, along with new features. All the underlying data can be retrieved programmatically using a RESTful API and through the JASPAR 2018 R/Bioconductor package.