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Nucleic acids research2018Jan04Vol.46issue(D1)

NonCodev5:長い非コーディングRNAの包括的なアノテーションデータベース

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
概要
Abstract

Non-Code(http://www.bioinfo.org/noncode/)は、非コーディングRNA(ncrNA)、特に長い非コーディングRNA(LNCRNA)の最も完全なコレクションと注釈を提示することに専念する体系的なデータベースです。Non-Code 2016が2年前にリリースされて以来、新たな識別されたNCRNAの量は、新たに特定されたデータの爆発をもたらした次世代シーケンスのコストの削減により拡大されました。第3世代のシーケンス革命は、より長くより正確な注釈も提供しています。さらに、生物学的実験によって確認された蓄積された証拠は、LNCRNA機能のより包括的な知識を提供しました。NCRNAデータセットは、過去2年間に公開された文献から新たに特定されたNCRNAを収集し、RefSeqとEnsemblの最新バージョンの統合により拡張されました。さらに、PIGが初めてデータベースに含まれ、種の総数を17にしました。NonCodev5のLNCRNAの数は527 336から548 640に増加しました。疾患関係と単一のヌクレオチド多型-lnCRNA-disease関係が構築されました。(ii)ヒトエキソソームlncRNA発現プロファイルが表示されました。(iii)非コードヒト転写産物のRNA二次構造が予測されました。NonCodev5は、http://www.noncode.org/からもアクセスできます。

Non-Code(http://www.bioinfo.org/noncode/)は、非コーディングRNA(ncrNA)、特に長い非コーディングRNA(LNCRNA)の最も完全なコレクションと注釈を提示することに専念する体系的なデータベースです。Non-Code 2016が2年前にリリースされて以来、新たな識別されたNCRNAの量は、新たに特定されたデータの爆発をもたらした次世代シーケンスのコストの削減により拡大されました。第3世代のシーケンス革命は、より長くより正確な注釈も提供しています。さらに、生物学的実験によって確認された蓄積された証拠は、LNCRNA機能のより包括的な知識を提供しました。NCRNAデータセットは、過去2年間に公開された文献から新たに特定されたNCRNAを収集し、RefSeqとEnsemblの最新バージョンの統合により拡張されました。さらに、PIGが初めてデータベースに含まれ、種の総数を17にしました。NonCodev5のLNCRNAの数は527 336から548 640に増加しました。疾患関係と単一のヌクレオチド多型-lnCRNA-disease関係が構築されました。(ii)ヒトエキソソームlncRNA発現プロファイルが表示されました。(iii)非コードヒト転写産物のRNA二次構造が予測されました。NonCodev5は、http://www.noncode.org/からもアクセスできます。

NONCODE (http://www.bioinfo.org/noncode/) is a systematic database that is dedicated to presenting the most complete collection and annotation of non-coding RNAs (ncRNAs), especially long non-coding RNAs (lncRNAs). Since NONCODE 2016 was released two years ago, the amount of novel identified ncRNAs has been enlarged by the reduced cost of next-generation sequencing, which has produced an explosion of newly identified data. The third-generation sequencing revolution has also offered longer and more accurate annotations. Moreover, accumulating evidence confirmed by biological experiments has provided more comprehensive knowledge of lncRNA functions. The ncRNA data set was expanded by collecting newly identified ncRNAs from literature published over the past two years and integration of the latest versions of RefSeq and Ensembl. Additionally, pig was included in the database for the first time, bringing the total number of species to 17. The number of lncRNAs in NONCODEv5 increased from 527 336 to 548 640. NONCODEv5 also introduced three important new features: (i) human lncRNA-disease relationships and single nucleotide polymorphism-lncRNA-disease relationships were constructed; (ii) human exosome lncRNA expression profiles were displayed; (iii) the RNA secondary structures of NONCODE human transcripts were predicted. NONCODEv5 is also accessible through http://www.noncode.org/.

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