脂質の質量スペクトルにおけるフラグメントイオンの一般的な命名法の提案

質量分析ベースのリピドミクスの進歩により、近年、生物系で検出できる膨大な数の脂質分子の注釈を標準化する努力が促されました。これらの取り組みは、無傷の脂質分子の化学的構造のカタログ化、命名、および描画に焦点を当てていますが、タンデムおよび多段階の質量分析を使用して検出された脂質フラグメントイオンの注釈のガイドラインは提供されていませんが、これらのフラグメントイオンは構造的放出と高信頼性のために必須です脂質の識別、特に高度なスループット脂質ワークフローで。ここでは、脂質フラグメントイオンの注釈のための命名法を提案し、その実装を説明し、ALEX123脂質計算機と呼ばれる自由に利用可能なWebアプリケーションを提示します。5つの脂質カテゴリをカバーする47の脂質クラスから。命名法は一般的であり、安定した同位体標識脂質分子に拡張可能であり、LC-MS/MSベースのルーチンを含むほとんどの現代脂質学プラットフォームで検出されたフラグメントイオンの自動注釈に適用可能であることに注意してください。

Advances in mass spectrometry-based lipidomics have in recent years prompted efforts to standardize the annotation of the vast number of lipid molecules that can be detected in biological systems. These efforts have focused on cataloguing, naming and drawing chemical structures of intact lipid molecules, but have provided no guidelines for annotation of lipid fragment ions detected using tandem and multi-stage mass spectrometry, albeit these fragment ions are mandatory for structural elucidation and high confidence lipid identification, especially in high throughput lipidomics workflows. Here we propose a nomenclature for the annotation of lipid fragment ions, describe its implementation and present a freely available web application, termed ALEX123 lipid calculator, that can be used to query a comprehensive database featuring curated lipid fragmentation information for more than 430,000 potential lipid molecules from 47 lipid classes covering five lipid categories. We note that the nomenclature is generic, extendable to stable isotope-labeled lipid molecules and applicable to automated annotation of fragment ions detected by most contemporary lipidomics platforms, including LC-MS/MS-based routines.