細菌におけるDNAスーパーコイル測定

DNAスーパーコイリングは、複製、転写、再結合など、いくつかの必須DNA代謝経路で重要な役割を果たします。通常、プラスミドDNA分子は、細菌細胞内のDNAスーパーコイル状態を測定するために使用されます。この章では、例としてプラスミドPACYC184を使用してクロロキンを含む1％アガロースゲル電気泳動によるDNAスーパーコイル密度を、大腸菌細胞からプラスミドDNA分子を隔離し、DNAスーパーコイル密度を決定する方法について説明します。

DNA supercoiling plays critical roles in several essential DNA metabolic pathways, such as replication, transcription and recombination. Typically plasmid DNA molecules are used to measure DNA supercoiling status inside bacterial cells. In this chapter, we describe how to isolate plasmid DNA molecules from E. coli cells and determine DNA supercoiling density by 1% agarose gel electrophoresis containing chloroquine using plasmid pACYC184 as an example.