転写誘導スーパーコイルを研究するためのプソラレンの光凝固の使用

細胞内DNAを操作するタンパク質は、必然的にねじれストレスを与え、DNA全体に再分布します。二重らせんを覆い、積極的に意図していると、陽性および陰性のDNAスーパーコイリングが現れます。増え続ける証拠は、DNAトポロジーがゲノム機能の重要な調節ステップの重要なプレーヤーであることを示しており、DNA構造の動的変化を検出するための生化学的技術の必要性を強調しています。in vivoでのDNAに結合するポソラレンは、スーパーコイルのレベルに比例し、核DNAのトポロジー状態に優れたプローブを提供します。ここでは、転写誘発DNAスーパーコイルゲノム全体を検出するためのポソラレンベースの方法論について説明します。このアプローチで生成されたDNAサンプルは、マイクロアレイプラットフォームまたはハイスループットシーケンスにハイブリダイズして、ゲノム全体のトポロジカルスナップショットを提供できます。

Proteins manipulating intracellular DNA necessarily impart torsional stress, which redistributes across the DNA. Overtwisting and undertwisting of the double helix result in the manifestation of positive and negative DNA supercoiling. A growing body of evidence indicates that DNA topology is an important player in the key regulatory steps of genome function, highlighting the need for biochemical techniques to detect dynamic changes in the DNA structure. Psoralen binding to DNA in vivo is proportional to the level of supercoiling, providing an excellent probe for the topological state of nuclear DNA. Here we describe a psoralen-based methodology to detect transcription-induced DNA supercoiling genome-wide. The DNA samples generated with this approach can be hybridized to microarray platforms or high-throughput sequenced to provide a topological snapshot of the whole genome.