溶液中のアデノシンバルジ含有デオキシトリデクヌクレオチドデュプレックスの立体構造は、隣接するシーケンスと温度に関係なく、エクストラアデノシンスタックを二重に積み上げます

DNAデュプレックスの余分なアデノシンバルジ部位の構造的特徴は、空間を介した2次元のNMR分析から、および自己補完D（C-C-g-A-A-T-T-C-G-G）（CAC 13-MER）およびD（C-C-g-A-A-T-C-g）（GAG）（CAC 13-MER）の結合接続性から解明されています。13-mer）水溶液中の二重鎖。これらの研究では、溶液中の融解遷移の開始以下のすべての温度で余分なアデノシンがヘリックスに積み重なることが確立されており、結果は、余分なアデノシンがシチジン（CAC 13-MER）またはグアノシン（GAG 13---）に挟まれているかどうかとは無関係であることが確立されています。MER）。NMRパラメーターは、隣接塩基対がくさび形の向きを採用して、余分なアデノシンをヘリックスに収容できることを確立しています。結果として生じる摂動は、CAC 13-MERとGAG 13-MER二重鎖の両方で、バルジセグメントに隣接するC10-G11ホスホディエステルバックボーンにまで及びます。

Structural features at the extra adenosine bulge sites in DNA duplexes have been elucidated from an NMR analysis of two-dimensional through space and through bond connectivities in the self-complementary d(C-C-G-G-A-A-T-T-C-A-C-G-G) (CAC 13-mer) and d(C-C-G-A-G-A-A-T-T-C-C-G-G) (GAG 13-mer) duplexes in aqueous solution. These studies establish that the extra adenosine stacks into the helix at all temperatures below the onset of the melting transition in solution, and the results are independent of whether the extra adenosine is flanked by cytidines (CAC 13-mer) or guanosines (GAG 13-mer). The NMR parameters establish that the extra adenosine can be accommodated into the helix with the flanking base pairs adopting a wedge-shaped orientation. The resulting perturbation extends out to the C10-G11 phosphodiester backbone adjacent to the bulge segment in both the CAC 13-mer and GAG 13-mer duplexes.