DL-エンドペプチダーゼは、細胞壁ヒドロラーゼとポリ-γ-グルタミン酸ヒドラーゼの両方として機能します

細胞表面のバイオポリマーは、環境ストレスから微生物を保護するだけでなく、栄養素やミネラルを貯蔵するために非常に重要です。バイオポリマーの合成はよく研究されていますが、バイオポリマーの修飾および分解プロセスに関する研究は限られています。これらのバイオポリマーの1つであるポリ-γ-グルタミン酸（γ-PGA）は、バチルス種によって生成されます。3つのNLPC/P60ドメインを所持している亜ティリスPGD、γPGAを保有しています。ここでは、B。subtilisがペプチドグリカンにおけるD-γ-グタミル - ジアミノピメル酸のアミド結合だけでなく、B。subtilisダイジェストのNLPC/P60ドメイン（LYTE、LYTF、CWLS、CWLO、およびCWLT）を備えたいくつかのDL-エンドペプチダーゼを実証しました。また、B。subtilisによって生成されたγ-PGAの連鎖。γ-PGAに対するDL-エンドペプチダーゼの加水分解酵素活性はISEAによって阻害され、これはペプチドグリカンに対するヒドロラーゼ活性も阻害し、γ-PGAに対するPGDの加水分解は阻害されませんでした。PGD​​Sは、D-Gluリッチγ-PGA（D-Glu：L-Glu = 7：3）およびL-Glu-Richγ-PGA（D-Glu：L-Glu = 7：3）のD-/L-Glu-D-Gluリンケージのみを加水分解しました：l-glu = 1：9）、PGDが制限された基質のみを加水分解できることを示しています。一方、B。subtilisのdl-エンドペプチダーゼは、d-gluリッチγ-pgaのd-/l-glu – d-/l-glu結合を切断しました（d-glu：l-glu = 7：3）、これらの酵素が異なる基質特異性を示していることを示しています。したがって、DL-エンドペプチダーゼは、「DL-インンドペプチダーゼとして注釈が付けられているにもかかわらず、D-γ-グルタミン - ジアミノピメリ酸結合（D – Lアミノ酸結合）」として注釈されているにもかかわらず、PGDよりもγ-PGAをより柔軟に消化します。

Biopolymers on the cell surface are very important for protecting microorganisms from environmental stresses, as well as storing nutrients and minerals. Synthesis of biopolymers is well studied, while studies on the modification and degradation processes of biopolymers are limited. One of these biopolymers, poly-γ-glutamic acid (γ-PGA), is produced by Bacillus species. Bacillus subtilis PgdS, possessing three NlpC/P60 domains, hydrolyses γ-PGA. Here, we have demonstrated that several dl-endopeptidases with an NlpC/P60 domain (LytE, LytF, CwlS, CwlO, and CwlT) in B. subtilis digest not only an amide bond of d-γ-glutamyl-diaminopimelic acid in peptidoglycans but also linkages of γ-PGA produced by B. subtilis. The hydrolase activity of dl-endopeptidases towards γ-PGA was inhibited by IseA, which also inhibits their hydrolase activity towards peptidoglycans, while the hydrolysis of PgdS towards γ-PGA was not inhibited. PgdS hydrolysed only the d-/l-Glu‒d-Glu linkages of d-Glu-rich γ-PGA (d-Glu:l-Glu=7 : 3) and l-Glu-rich γ-PGA (d-Glu:l-Glu=1 : 9), indicating that PgdS can hydrolyse only restricted substrates. On the other hand, the dl-endopeptidases in B. subtilis cleaved d-/l-Glu‒d-/l-Glu linkages of d-Glu-rich γ-PGA (d-Glu:l-Glu=7 : 3), indicating that these enzymes show different substrate specificities. Thus, the dl-endopeptidases digest γ-PGA more flexibly than PgdS, even though they are annotated as "dl-endopeptidase, digesting the d-γ-glutamyl-diaminopimelic acid linkage (d‒l amino acid bond)".