デュアルRNA-seqによる宿主病原体トランスクリプトミクス

トランスクリプトミクス、すなわち、細胞RNA転写産物の定量化は、特定の条件下で細菌細胞または真核細胞の生理学的状態を測定する強力な方法です。しかし、従来のアプローチは、哺乳類の宿主細胞の細菌感染症などの生物学的プロセスに関連する王国全体の転写産物の豊富さを測定するのに適していませんでした。これは、感染菌とその感染宿主で同時に遺伝子発現をプロファイルする「デュアルRNA-seq」の確立とともに変化しました。ここでは、グラム陰性モデル病原体サルモネラ・タイプヒムリウムに感染したヒト細胞培養モデルの研究に限定されていないが、最適化された詳細なデュアルRNA-SEQプロトコルについて説明します。さらに、トランスクリプトーム安定化（RNA固定）、侵入細胞のFACSベースの濃縮、および二重RRNA枯渇など、このプロトコルのいくつかの重要なステップの利点の利点を示す実験データを提供します。データ生成に焦点を当てていますが、取得したデータセットを分析するための適切な計算方法を説明するセクションも含めます。

Transcriptomics, i.e., the quantification of cellular RNA transcripts, is a powerful way to gauge the physiological state of either bacterial or eukaryotic cells under a given condition. However, traditional approaches were unsuitable to measure the abundance of transcripts across kingdoms, which is relevant for biological processes such as bacterial infections of mammalian host cells. This changed with the establishment of "Dual RNA-seq," which profiles gene expression simultaneously in an infecting bacterium and its infected host. Here, we describe a detailed Dual RNA-seq protocol optimized for-but not restricted to-the study of human cell culture models infected with the Gram-negative model pathogen Salmonella Typhimurium. Furthermore, we provide experimental data demonstrating the benefits of some of the key steps of this protocol, including transcriptome stabilization (RNA fixation), FACS-based enrichment of invaded cells, and double rRNA depletion. While our focus is on data generation, we also include a section describing suitable computational methods to analyze the obtained datasets.