世界中の呼吸器合胞体ウイルスのBA9系統とその進化的ダイナミクス

呼吸器合胞体ウイルス（RSV）は、全体的な重要性の重要な病原体です。BA9は、Gタンパク質遺伝子で60bpの重複を獲得したグループB RSVのBA遺伝子型の最も主要な系統の1つです。BA9系統のGタンパク質遺伝子のC末端における2番目のハイパー可変領域の局所的およびグローバルな進化的ダイナミクスについて説明します。29か国からの合計418のシーケンス（31の研究と387のGenbank株を含む）が系統解析に使用されました。この分析は、グループB RSVのBA（BA9およびBA8）とSAB4遺伝子型でクラスター化された研究株が示されたことを示しました。ベイジアンマルコフチェーンモンテカルロ法を使用して、時間式の進化時計分析を実行しました。また、BA9系統のグリコシル化、選択圧力、変異、エントロピー、ネットワーク分析も実施しました。BA遺伝子型とBA9系統の最新の共通の祖先（TMRCA）までの時間は、それぞれ1995年（95％HPD; 1987-1997）と2000年（95％HPD; 1998-2001）と推定されました。BA遺伝子型のヌクレオチド置換速度[（4.58×10-3（95％HPD; 3.89-5.29×10-3）置換/部位/年）は、BA9系統[4.03×10-3（95％HPD; 4.65-5.2492×10-3）に入ったbaege nege geingeに登録されていました。（I、II、III）ベイジアンとネットワークの分析は、BA9が2002年以降に循環しているBAウイルスの主な系統であることを示唆しています。全体的なグローバルな監視。

Respiratory syncytial virus (RSV) is an important pathogen of global significance. The BA9 is one of the most predominant lineages of the BA genotype of group B RSV that has acquired a 60bp duplication in its G protein gene. We describe the local and global evolutionary dynamics of the second hyper variable region in the C- terminal of the G protein gene of the BA9 lineage. A total of 418 sequences (including 31 study and 387 GenBank strains) from 29 different countries were used for phylogenetic analysis. This analysis showed that the study strains clustered with BA (BA9 and BA8) and SAB4 genotype of group B RSV. We performed time-scaled evolutionary clock analyses using Bayesian Markov chain Monte Carlo methods. We also carried out glycosylation, selection pressure, mutational, entropy and Network analyses of the BA9 lineage. The time to the most recent common ancestor (tMRCA) of the BA genotype and BA9 lineage were estimated to be the years 1995 (95% HPD; 1987-1997) and 2000 (95% HPD; 1998-2001), respectively. The nucleotide substitution rate of the BA genotype [(4.58×10-3 (95% HPD; 3.89-5.29×10-3) substitution/site/year] was slightly faster than the BA9 lineage [4.03×10-3 (95% HPD; 4.65-5.2492×10-3)]. The BA9 lineage was categorized into 3 sub lineages (I, II and III) based on the Bayesian and Network analyses. The local transmission pattern suggested that BA9 is the predominant lineage of BA viruses that has been circulating in India since 2002 though showing fluctuations in its effective population size. The BA9 lineage established its global distribution with report from 23 different countries over the past 16 years. The present study augments our understanding of RSV infection, its epidemiological dynamics warranting steps towards its overall global surveillance.