消化ライゲーションのみのHI-Cは、染色体立体構造のキャプチャのための効率的で費用対効果の高い方法です

染色体立体構造キャプチャ（3C）技術を使用して、3Dゲノム構造を調査できます。ただし、現在の方法での高いバックグラウンドノイズ、高コスト、および簡単な騒音評価の欠如は、3Dゲノム研究の進歩を妨げます。ここでは、ゲノムの3Dランドスケープを探索するための簡単な消化ライゲーションのみのHI-C（DLO HI-C）テクノロジーを開発しました。この方法では、ビオチンの標識とプルダウンを必要とせずに、2ラウンドの消化とライゲーションのみが必要です。特定のリンカーと結合されたDNAフラグメントを精製することにより、非統合DNAを費用対効果の高いステップで効率的に除去しました。特に、ランダムライゲーションは、シーケンス前の早期の品質管理ステップで迅速に評価できます。さらに、4カッター制限酵素を使用したDlo Hi-CのIn inituバージョンが開発されました。DLO HI-Cを適用して、THP-1およびK562細胞のゲノムアーキテクチャを描き、染色体転座を発見しました。この技術は、ゲノム組織、遺伝子調節、および（メタ）ゲノムアセンブリの調査を促進する可能性があります。

Chromosome conformation capture (3C) technologies can be used to investigate 3D genomic structures. However, high background noise, high costs, and a lack of straightforward noise evaluation in current methods impede the advancement of 3D genomic research. Here we developed a simple digestion-ligation-only Hi-C (DLO Hi-C) technology to explore the 3D landscape of the genome. This method requires only two rounds of digestion and ligation, without the need for biotin labeling and pulldown. Non-ligated DNA was efficiently removed in a cost-effective step by purifying specific linker-ligated DNA fragments. Notably, random ligation could be quickly evaluated in an early quality-control step before sequencing. Moreover, an in situ version of DLO Hi-C using a four-cutter restriction enzyme has been developed. We applied DLO Hi-C to delineate the genomic architecture of THP-1 and K562 cells and uncovered chromosomal translocations. This technology may facilitate investigation of genomic organization, gene regulation, and (meta)genome assembly.