人間の全Xcriptomeにおける家族の類似性

背景：慢性疾患の感受性における遺伝子発現の意味と慢性疾患の家族性クラスタリングを考慮すると、遺伝子発現レベルにおける家族性の類似性の研究は非常に関連性があります。全血遺伝子発現レベルにおける家族性の類似性に対する遺伝的および共通の環境への影響の両方の寄与を考慮した研究はほとんどありません。目的は、全血のゲノム全体の遺伝子発現レベルの家族性の類似性における遺伝的および共通の環境への影響の寄与を定量化することです。また、生物学的メカニズムをさらに調査するために、同じコホートで血液白血球ゲノム全体のDNAメチル化レベルの家族的類似性と比較します。 結果：すべてのプローブ（それぞれ20.6％、15.6％、および5.0％）および有意な家族効果（それぞれ78.1％、60.1％、および18.0％）で最大の遺伝性、遺伝的遺伝性、および共通の環境効果が計算されました。血液細胞の不均一性のために調整された遺伝子発現とDNAメチル化レベルの間のペアワイズ表現型相関は、有意な家族的効果を示すプローブのために計算されました。7,618,401の可能なペアの間で合計78のプローブペアがBonferroni補正を渡しました（修正されたp値= 6.56×10- 9）。遺伝子発現とDNAメチル化レベルの間の有意な遺伝的相関が25のプローブペアで見られました（0.97の絶対遺伝的相関）。 結論：遺伝子発現レベルの家族的類似性は主に遺伝的要因に起因していましたが、特に重要な家族効果を示すプローブで共通の環境効果も役割を果たしました。家族効果のあるプローブとCPGサイトは、強力な共有遺伝的コントロールの下にあるようです。

BACKGROUND: Considering the implication of gene expression in the susceptibility of chronic diseases and the familial clustering of chronic diseases, the study of familial resemblances in gene expression levels is then highly relevant. Few studies have considered the contribution of both genetic and common environmental effects to familial resemblances in whole blood gene expression levels. The objective is to quantify the contribution of genetic and common environmental effects in the familial resemblances of whole blood genome-wide gene expression levels. We also make comparisons with familial resemblances in blood leukocytes genome-wide DNA methylation levels in the same cohort in order to further investigate biological mechanisms. RESULTS: Maximal heritability, genetic heritability, and common environmental effect were computed for all probes (20.6%, 15.6%, and 5.0% respectively) and for probes showing a significant familial effect (78.1%, 60.1%, and 18.0% respectively). Pairwise phenotypic correlations between gene expression and DNA methylation levels adjusted for blood cell heterogeneity were computed for probes showing significant familial effect. A total of 78 probe pairs among the 7,618,401 possible pairs passed Bonferroni correction (corrected P-value = 6.56 × 10- 9). Significant genetic correlations between gene expression and DNA methylation levels were found for 25 probe pairs (absolute genetic correlation of 0.97). CONCLUSIONS: Familial resemblances in gene expression levels were mainly attributable to genetic factors, but common environmental effect also played a role especially in probes showing a significant familial effect. Probes and CpG sites with familial effect seem to be under a strong shared genetic control.