T細胞エピトープの予測のためのバイオインフォマティクスツール

T細胞応答は、MHC分子によって細胞表面に提示されるエピトープと呼ばれる特定のペプチドによって活性化されます。MHCへのペプチドの結合は、T細胞抗原提示における最も選択的なステップであり、したがって潜在的なエピトープの選択に不可欠な要因です。MHC分子へのペプチド結合の測定のためにいくつかのin vitro法が開発されていますが、これらはすべて費用がかかり、時間がかかります。その結果、このイベントをモデル化するためのシリコ内の方法の開発に多大な努力が払われてきました。ここでは、CD8+およびCD4+ T細胞の活性化経路に関与するMHCクラスIおよびクラスII分子へのペプチド結合の予測について、そのような2つのツール、NetMHCConsとNetMHCIIPANについて説明します。

T-cell responses are activated by specific peptides, called epitopes, presented on the cell surface by MHC molecules. Binding of peptides to the MHC is the most selective step in T-cell antigen presentation and therefore an essential factor in the selection of potential epitopes. Several in-vitro methods have been developed for the determination of peptide binding to MHC molecules, but these are all costly and time-consuming. In consequence, significant effort has been dedicated to the development of in-silico methods to model this event. Here, we describe two such tools, NetMHCcons and NetMHCIIpan, for the prediction of peptide binding to MHC class I and class II molecules, respectively, involved in the activation pathways of CD8+ and CD4+ T cells.