2010年から2016年の間に中国の江蘇で循環するヒトG9P [8]ロタウイルス株の系統解析

ロタウイルスA（RVA）は、世界中の5歳未満の小児の急性ウイルス性胃腸炎の主な原因です。G9P [8]は、中国の江蘇で持続的に流行している一般的なRVA遺伝子型です。G9P [8] RVASの遺伝的多様性を決定するために、2010年から2016年の間にSuzhou小児病院から収集された7人のG9P [8]株（JS2010-JS2016という名前）を決定しました。評価されたすべての株は、WA様星座G9-P [8] -I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-H1を示しました。さらに、系統発生分析により、すべての株のVP7遺伝子が系統G9-IIIおよびG9-VIにクラスター化されたことが明らかになりました。株JS2012（P [8] -4）を除き、すべての株のVP4配列はP [8] -3系統に属していました。シーケンシングはさらに、すべての株のVP7およびVP4遺伝子の抗原領域にアミノ酸置換が存在することを明らかにしました。さらに、非構造タンパク質4（NSP4）遺伝子の抗原部位IおよびIIには複数の置換がありましたが、他のNSP遺伝子は比較的保存されていました。結論として、これらの7つのG9P [8]株の系統発生分析は、RVAが地域と時間で変化したことを示唆しています。したがって、我々の発見は、急性ウイルス性胃腸炎のより良い予防と治療のために、RVAの分子進化的特性を調査するために継続的な監視が必要であることを示唆しています。

Rotavirus A (RVA) is the leading cause of acute viral gastroenteritis in children under 5 years of age worldwide. G9P[8] is a common RVA genotype that has been persistently prevalent in Jiangsu, China. To determine the genetic diversity of G9P[8] RVAs, 7 representative G9P[8] strains collected from Suzhou Children's Hospital between 2010 and 2016 (named JS2010-JS2016) were analyzed through whole-genome sequencing. All evaluated strains showed the Wa-like constellation G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. Furthermore, phylogenetic analysis revealed that the VP7 genes of all strains clustered into lineage G9-III and G9-VI. With the exception of strain JS2012 (P[8]-4), the VP4 sequences of all strains belonged to the P[8]-3 lineage. Sequencing further revealed that amino acid substitutions were present in the antigenic regions of the VP7 and VP4 genes of all strains. Moreover, there were multiple substitutions in antigenic sites I and II of the nonstructural protein 4 (NSP4) genes, whereas the other NSP genes were relatively conserved. In conclusion, our phylogenetic analysis of these 7 G9P[8] strains suggests that RVA varied across regions and time. Therefore, our findings suggest that continued surveillance is necessary to explore the molecular evolutionary characteristics of RVA for better prevention and treatment of acute viral gastroenteritis.