IntereVDock2：相同性モデルと多量体入力からの進化的および生物学的情報を使用したタンパク質ドッキング用の拡張サーバー

計算によるタンパク質ドッキングは、タンパク質間相互作用の構造を予測するための強力な戦略であり、高分子クロストークの機能特性評価に重要な洞察を提供します。私たちは以前、剛体サンプリングに基づいた非経験的タンパク質ドッキング用のサーバーである InterEvDock を開発し、その後、ドッキングに共進化情報を組み込むために特別に開発された InterEvScore 関数など、物理ベースの統計ポテンシャルを使用したコンセンサス スコアリングを行いました。InterEvDock2 は InterEvDock の主要な進化であり、ユーザーが構造だけでなく入力シーケンスと多量体入力を送信し、相互作用に関する事前の知識に基づいてペアワイズ ドッキング プロセスの制約を指定できるようにします。この目的のために、自動テンプレート検索と入力タンパク質の比較モデリングのためのモジュールを InterEvDock2 に追加しました。InterEvDock2 パイプラインは、2 つのパートナーの非結合相同性モデルと共進化情報が PPI4DOCK データベースで利用可能な 812 複合体でベンチマークされました。InterEvDock2 は、これらのケースの 29% で上位 10 のコンセンサスのうち正しいモデルを特定し (個々のスコアリング関数の場合は 15 ～ 24%)、これらのケースの 91% で予測された 10 個のうち少なくとも 1 つの正しいインターフェイス残基が特定されました。したがって、InterEvDock2 は、実験生物学コミュニティに役立つように設計された、ユニークなタンパク質ドッキング サーバーです。InterEvDock2 Web インターフェイスは、http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/InterEvDock2/ で利用できます。

Computational protein docking is a powerful strategy to predict structures of protein-protein interactions and provides crucial insights for the functional characterization of macromolecular cross-talks. We previously developed InterEvDock, a server for ab initio protein docking based on rigid-body sampling followed by consensus scoring using physics-based and statistical potentials, including the InterEvScore function specifically developed to incorporate co-evolutionary information in docking. InterEvDock2 is a major evolution of InterEvDock which allows users to submit input sequences - not only structures - and multimeric inputs and to specify constraints for the pairwise docking process based on previous knowledge about the interaction. For this purpose, we added modules in InterEvDock2 for automatic template search and comparative modeling of the input proteins. The InterEvDock2 pipeline was benchmarked on 812 complexes for which unbound homology models of the two partners and co-evolutionary information are available in the PPI4DOCK database. InterEvDock2 identified a correct model among the top 10 consensus in 29% of these cases (compared to 15-24% for individual scoring functions) and at least one correct interface residue among 10 predicted in 91% of these cases. InterEvDock2 is thus a unique protein docking server, designed to be useful for the experimental biology community. The InterEvDock2 web interface is available at http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/InterEvDock2/.