デオキシコレートナトリウム洗剤を使用した糖タンパク質に由来するN結合グリカンの定量的LC-MS/MS分析の強化

タンパク質グリコシル化は、生物における一般的なタンパク質翻訳後修飾（PTM）であり、複数の疾患と関連することが示されているため、そのような疾患のバイオマーカーである可能性があります。効率的なタンパク質/糖タンパク質抽出は、LC-MS分析前の糖タンパク質に由来するN-グリカンの調製における重要なステップです。便利で効率的で公平なサンプル準備プロトコルが必要です。本明細書では、癌細胞株などの生物学的サンプルに由来する糖タンパク質のN-グリカンを放出するために、デオキシコレートナトリウム（SDC）酸性の不安定性界面活性剤の使用を評価した。フィルター支援サンプル調製アプローチと比較して、デオキシコレートナトリウム（SDC）支援アプローチは、より効率的で公平であると判断されました。SDCの除去は、酢酸エチル相転移ではなく酸性沈殿を使用する場合、より効率的であると判断されました。生物学的サンプルからのタンパク質/糖タンパク質の効率的な抽出は、SDC溶解バッファーとビーズを鼓動する細胞の破壊を組み合わせて達成しました。これは、癌細胞株から放出されるN-グリカンの強度の全体的な全体的な増加によって示唆されました。さらに、SDCアプローチの使用は、SDCを使用しない方法よりも再現性が高いことも示されました。

Protein glycosylation is a common protein post-translational modification (PTM) in living organisms and has been shown to associate with multiple diseases, and thus may potentially be a biomarker of such diseases. Efficient protein/glycoprotein extraction is a crucial step in the preparation of N-glycans derived from glycoproteins prior to LC-MS analysis. Convenient, efficient and unbiased sample preparation protocols are needed. Herein, we evaluated the use of sodium deoxycholate (SDC) acidic labile detergent to release N-glycans of glycoproteins derived from biological samples such as cancer cell lines. Compared to the filter-aided sample preparation approach, the sodium deoxycholate (SDC) assisted approach was determined to be more efficient and unbiased. SDC removal was determined to be more efficient when using acidic precipitation rather than ethyl acetate phase transfer. Efficient extraction of proteins/glycoproteins from biological samples was achieved by combining SDC lysis buffer and beads beating cell disruption. This was suggested by a significant overall increase in the intensities of N-glycans released from cancer cell lines. Additionally, the use of SDC approach was also shown to be more reproducible than those methods that do not use SDC.