FFPEサンプルのハイスループットシーケンスのための市販のDNAおよびRNA抽出方法の評価

適切な品質の核酸材料は、成功したハイスループットシーケンス（HTS）分析のために重要です。アーカイブFFPE材料から分離されたDNAとRNAは、しばしば分解され、固定中に導入された化学的損傷のために容易に増幅できません。最適な核酸抽出キットを特定するために、HTSアプリケーションでDNAとRNAの量、品質、パフォーマンスを評価しました。DNAとRNAは、3つの異なる商用ベンダーから7つのキットから8つの抽出プロトコルを使用して、5つの肉腫アーカイブFFPEブロックから分離されました。DNA抽出のために、CovarisのTruxtrac FFPE DNAキットはより高い収率とより良い増幅可能なDNAを与えましたが、すべてのプロトコルはAgilent SureSelect XTを使用して同等のHTSライブラリ収量を与え、下流のバリアント呼び出しでうまく機能しました。RNA抽出の場合、すべてのプロトコルは同等の収率と増幅可能なRNAを与えました。ただし、Archer FusionPlex Sarmomaアッセイを使用した融合遺伝子検出の場合、CovarisのTruxtrac FFPE RNAキットとBeckman CoulterのAgencourt Formapure Kitは、HTSデータのより多くの複雑さを提供し、再成形融合のより頻繁な検出を提供することを示しました。遺伝子。Truxtrac同時DNAとRNA抽出により、個々のプロトコルと同様の出力が得られました。これらの調査結果は、ほとんどの場合、成功したHTSライブラリを生成できるものの、異なるプロトコルにより、FFPE核酸抽出の量と品質がさまざまであることが示されています。最適な手順を選択することは非常に価値があり、境界線の品質標本で結果を生成する可能性があります。

Nucleic acid material of adequate quality is crucial for successful high-throughput sequencing (HTS) analysis. DNA and RNA isolated from archival FFPE material are frequently degraded and not readily amplifiable due to chemical damage introduced during fixation. To identify optimal nucleic acid extraction kits, DNA and RNA quantity, quality and performance in HTS applications were evaluated. DNA and RNA were isolated from five sarcoma archival FFPE blocks, using eight extraction protocols from seven kits from three different commercial vendors. For DNA extraction, the truXTRAC FFPE DNA kit from Covaris gave higher yields and better amplifiable DNA, but all protocols gave comparable HTS library yields using Agilent SureSelect XT and performed well in downstream variant calling. For RNA extraction, all protocols gave comparable yields and amplifiable RNA. However, for fusion gene detection using the Archer FusionPlex Sarcoma Assay, the truXTRAC FFPE RNA kit from Covaris and Agencourt FormaPure kit from Beckman Coulter showed the highest percentage of unique read-pairs, providing higher complexity of HTS data and more frequent detection of recurrent fusion genes. truXTRAC simultaneous DNA and RNA extraction gave similar outputs as individual protocols. These findings show that although successful HTS libraries could be generated in most cases, the different protocols gave variable quantity and quality for FFPE nucleic acid extraction. Selecting the optimal procedure is highly valuable and may generate results in borderline quality specimens.