ピーチのMYBスーパーファミリー遺伝子のゲノム全体の同定と分類

MYB転写因子スーパーファミリーは、植物のさまざまな生物学的プロセスを調節する最大のスーパーファミリーの1つです。過去数十年にわたって、多くのMYBスーパーファミリー遺伝子が特定され、一部の植物種で特徴付けられてきました。しかし、ピーチのゲノム配列は数年前に放出されたものの、ピーチ（Prunus persica）のMybスーパーファミリー（Prunus persica）に属する遺伝子は包括的に特定され、特徴付けられていません。合計で、この研究では、R2R3-MYB（2R-MYB）、R1R2R3-MYB（3R-MYB）、MYB関連（1R-MYB）、4R-の5つのサブファミリーに分割された256 MYBスーパーファミリー遺伝子のセットが得られました。myb、およびaitypical-mybサブファミリー。これらのサブファミリーには、それぞれ128、4、109、1、および14のメンバーが含まれていました。桃の128のR2R3-MYBサブファミリー遺伝子はさらに35のグループにクラスター化され、109のMYB関連のサブファミリー遺伝子はさらに6つのグループにクラスター化されました：CCA1様、CPC様、TBP様、I-Box結合 -同様に、R-Rタイプ、ピーチ固有のグループ。桃のR2R3-MYBまたはMYB関連のサブファミリー内の各グループ内のモチーフ組成とエクソン/イントロン構造は、高度に保存されていました。R2およびR3のR2R3-MYBサブファミリーメンバーのR3リピートのロゴシーケンスは、他のいくつかの植物種のこれらの繰り返しのものと高度に保存されていました。48個の新規ピーチ特異的MYB遺伝子を除き、ピーチの256個のMYB遺伝子のうち残りの208個は、A。thalianaの対応する198 MYB遺伝子で保存されていました。さらに、256のMYB遺伝子は、桃ゲノムの染色体1〜8に不均一に分布しています。ピーチ/aの81のオーソロガスペア。Thaliana MYB遺伝子は、この研究では、桃の256 MyB遺伝子とA. Thalianaの198 MyB遺伝子の間で同定されました。さらに、桃の8つの染色体で146ペアのパラガスのMYB遺伝子が同定されました。QRT-PCR分析のために選択された51のMYB遺伝子のいくつかの発現レベルは、赤色の果実発達とともに減少または増加しましたが、一部の遺伝子の発現パターンは、果物の5つの発達段階にわたって明確なルールに従いませんでした。この研究では、桃のMYBスーパーファミリー遺伝子のさらなる機能分析の基礎を築き、植物種のMYBスーパーファミリー遺伝子の知識を豊かにしました。

The MYB transcription factor superfamily is one of the largest superfamilies modulating various biological processes in plants. Over the past few decades, many MYB superfamily genes have been identified and characterized in some plant species. However, genes belonging to the MYB superfamily in peach (Prunus persica) have not been comprehensively identified and characterized although the genome sequences of peach were released several years ago. In total, this study yielded a set of 256 MYB superfamily genes that was divided into five subfamilies: the R2R3-MYB (2R-MYB), R1R2R3-MYB (3R-MYB), MYB-related (1R-MYB), 4R-MYB, and Atypical-MYB subfamilies. These subfamilies contained 128, 4, 109, 1, and 14 members, respectively. The 128 R2R3-MYB subfamily genes in peach were further clustered into 35 groups, and the 109 MYB-related subfamily genes were further clustered into 6 groups: the CCA1-like, CPC-like, TBP-like, I-box-binding-like, R-R-type, and Peach-specific groups. The motif compositions and exon/intron structures within each group within the R2R3-MYB or MYB-related subfamily in peach were highly conserved. The logo sequences of the R2 and R3 repeats of R2R3-MYB subfamily members were highly conserved with those in these repeats of several other plant species. Except for 48 novel peach-specific MYB genes, the remaining 208 out of 256 MYB genes in peach were conserved with the corresponding 198 MYB genes in A. thaliana. Additionally, the 256 MYB genes unevenly distributed on chromosomes 1 to 8 of the peach genome. Eighty-one orthologous pairs of peach/A. thaliana MYB genes were identified among 256 MYB genes in peach and 198 MYB genes in A. thaliana in this study. In addition, 146 pairs of paralogous MYB genes were identified on the eight chromosomes of peach. The expression levels of some of the 51 MYB genes selected for qRT-PCR analysis decreased or increased with red-fleshed fruit development, while the expression patterns of some genes followed no clear rules over the five developmental stages of fruits. This study laid the foundation for further functional analysis of MYB superfamily genes in peach and enriched the knowledge of MYB superfamily genes in plant species.