HRPDViewer：ヒトリボソームプロファイリングデータビューアー

翻訳規制は、タンパク質合成において重要な役割を果たします。翻訳の調節不全は異常な細胞生理学を引き起こし、炎症性障害や癌などの疾患を引き起こします。リボソームプロファイリング（RIBO-seq）と呼ばれる新たな手法が開発され、翻訳のスナップショットをキャプチャしました。リボソームで保護されたmRNAフラグメントの深いシーケンスに基づいています。さまざまな研究で多くのRIBO-seqデータが生成されているため、公開されているRIBO-seqデータの堆積と視覚化にはデータベースが必要です。現在、GWIPS-VIZ、RPFDB、TranslatomedBは、この目的のために開発された3つの最大のデータベースです。ただし、2つの課題に対処する必要があります。まず、GWIPS-VIZおよびRPFDBデータベースは、公開されているRIBO-seqデータをゲノムに合わせます。RIBO-seqデータは、アクティブに翻訳されたmRNA転写産物を明らかにすることを目指しているため、ゲノム上のリボREQデータをトランスクリプトームに合わせることには利点があります。第二に、TranslatomedBは視覚化を提供せず、他の2つのデータベースは特定のゲノム位置をめぐるRIBO-seqデータの視覚化のみを提供しますが、同じ遺伝子または異なる遺伝子から生成された複数のmRNA転写産物に関するRIBO-seqデータの同時視覚化はです。望ましい。これらの2つの課題に対処するために、ヒトリボソームプロファイリングデータビューアー（HRPDViewer）を開発しました。HRPDViewer（i）には、遺伝子発現Omnibusから公開された610のヒトRIBO-seqデータセットが含まれており、（ii）RIBO-seqデータをトランスクリプトームに合わせ、（iii）選択したmRNA転写産物に関するRIBO-seqデータの視覚化を提供します。HRPDViewerを使用して、研究者は、同じ遺伝子または異なる遺伝子からの複数のmRNA転写産物のリボソーム結合パターンを比較して、ヒト細胞のタンパク質合成を正確に理解することができます。hrpdviewerは、研究者がhuman.database urlで翻訳規制を研究するための有用なリソースであると考えています。/hrpdviewer/。

Translational regulation plays an important role in protein synthesis. Dysregulation of translation causes abnormal cell physiology and leads to diseases such as inflammatory disorders and cancers. An emerging technique, called ribosome profiling (ribo-seq), was developed to capture a snapshot of translation. It is based on deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments. A lot of ribo-seq data have been generated in various studies, so databases are needed for depositing and visualizing the published ribo-seq data. Nowadays, GWIPS-viz, RPFdb and TranslatomeDB are the three largest databases developed for this purpose. However, two challenges remain to be addressed. First, GWIPS-viz and RPFdb databases align the published ribo-seq data to the genome. Since ribo-seq data aim to reveal the actively translated mRNA transcripts, there are advantages of aligning ribo-req data to the transcriptome over the genome. Second, TranslatomeDB does not provide any visualization and the other two databases only provide visualization of the ribo-seq data around a specific genomic location, while simultaneous visualization of the ribo-seq data on multiple mRNA transcripts produced from the same gene or different genes is desired. To address these two challenges, we developed the Human Ribosome Profiling Data viewer (HRPDviewer). HRPDviewer (i) contains 610 published human ribo-seq datasets from Gene Expression Omnibus, (ii) aligns the ribo-seq data to the transcriptome and (iii) provides visualization of the ribo-seq data on the selected mRNA transcripts. Using HRPDviewer, researchers can compare the ribosome binding patterns of multiple mRNA transcripts from the same gene or different genes to gain an accurate understanding of protein synthesis in human cells. We believe that HRPDviewer is a useful resource for researchers to study translational regulation in human.Database URL: http://cosbi4.ee.ncku.edu.tw/HRPDviewer/ or http://cosbi5.ee.ncku.edu.tw/HRPDviewer/.