ヒトT細胞受容体の発生パターンは、免疫履歴、遺伝的背景、および受容体特異性をコードします

T細胞受容体（TCR）レパートリーは、免疫学的記憶の動的形成を通じて免疫曝露履歴をコードします。レパートリーシーケンスデータの統計分析には、測定された表現型を備えた大きなコホートからの疾患の関連性を解読する可能性があります。しかし、特定の免疫学的課題によって誘発されるレパートリー摂動は、主要な組織適合性複合体（MHC）多型を介して遺伝的背景に条件付けられています。大規模な人間のコホートで、MHC対立遺伝子、免疫曝露、共有TCRの間の関連性を探ります。高解像度のMHCジェノタイピングで増強された以前に公開されたレパートリーシーケンスデータセットを使用して、我々の分析は豊富な構造を明らかにします：共通の病原体の顕著な刻印、共起するTCRのクラスターは、共有免疫曝露のマーカーを表す可能性のあるTCR-MHC Associationのかなりの変動を表します。MHC遺伝子座全体の強度。解決されたTCR：ペプチド-MHC構造の原子接触に導かれ、TCRとMHCの間の配列共変動を特定します。これらの洞察と私たちの分析フレームワークは、TCRの多様性をさらに調査するための基礎を築きます。

The T cell receptor (TCR) repertoire encodes immune exposure history through the dynamic formation of immunological memory. Statistical analysis of repertoire sequencing data has the potential to decode disease associations from large cohorts with measured phenotypes. However, the repertoire perturbation induced by a given immunological challenge is conditioned on genetic background via major histocompatibility complex (MHC) polymorphism. We explore associations between MHC alleles, immune exposures, and shared TCRs in a large human cohort. Using a previously published repertoire sequencing dataset augmented with high-resolution MHC genotyping, our analysis reveals rich structure: striking imprints of common pathogens, clusters of co-occurring TCRs that may represent markers of shared immune exposures, and substantial variations in TCR-MHC association strength across MHC loci. Guided by atomic contacts in solved TCR:peptide-MHC structures, we identify sequence covariation between TCR and MHC. These insights and our analysis framework lay the groundwork for further explorations into TCR diversity.