腫瘍組織および循環腫瘍DNAの不均一な突然変異パターンは、平行NGSパネルテストを保証します

循環腫瘍DNA（CTDNA）の遺伝子型による液体生検は、臨床腫瘍学の腫瘍ゲノム変化を評価する際に非侵襲的アプローチを提供しました。しかし、臨床環境における新たな証拠は、一致した腫瘍組織と血液ctDNAサンプルの間のゲノム変化において、および異なる試験プラットフォームで分析された同じ血液サンプルの間でさえ、有意な不一致を示しています。したがって、同じ技術に基づいた次世代シーケンス（NGS）パネルを使用して、腫瘍組織とctDNAを並行して並行して類似したctDNAを並べ替えることにより、これらの研究の矛盾の根本的な原因を研究する必要があります。ここでは、56人の非小細胞肺癌（NSCLC）患者を登録し、並列NGSパネルテストにより腫瘍組織の遺伝子型とCTDNAベースの液体生検を評価し、異なるサンプルの準備条件を比較しました。血漿細胞を含まないDNA（CFDNA）の体細胞変異は、初期段階のNSCLC患者63.6％および進行期NSCLCの60％患者で検出されました。一致したホルマリン固定パラフィン包埋サンプルとCFDNAの間の全体的な一致は、初期NSCLC患者で54.6％、進行期のNSCLC患者で80％でした。正の一致率は、それぞれ初期段階および進行段階の患者で44.4％および71.4％でした。新鮮な凍結腫瘍サンプルを使用しても、一致した腫瘍組織とCfDNAの間の全体的な一致率は改善されませんでした。血液サンプルを4時間以降に処理してから、CfDNAの体細胞変異の検出率が大幅に低下しました。したがって、臨床サンプルにおける腫瘍組織ベースのジェノタイピングとCTDNAベースの遺伝子型の間の一致率は、複数の分析前、分析的、生物学的因子の影響を受ける可能性があります。各患者の両方のサンプルタイプでの並列NGSパネルテストは、がん標的療法の効果的な指導と癌の早期検出の可能性について保証される場合があります。

Liquid biopsy by genotyping circulating tumor DNA (ctDNA) has provided a non-invasive approach in assessing tumor genomic alterations in clinical oncology. However, emerging evidence in clinical settings has shown significant discordance in the genomic alterations between matched tumor tissue and blood ctDNA samples, and even between the same set of blood samples analyzed on different testing platforms. Thus, it is necessary to study underlying causes of discrepancies in these studies by genotyping tumor tissue and ctDNA in parallel using next generation sequencing (NGS) panels based on the same technology. Here we enrolled 56 non-small-cell lung cancer (NSCLC) patients and evaluated tumor tissue genotyping and ctDNA based liquid biopsy by parallel NGS panel testing and compared different sample preparation conditions. Somatic mutations in plasma cell-free DNA (cfDNA) were detected in 63.6% patients with early-stage NSCLC and 60% patients with advanced-stage NSCLC. The overall concordance between matched formalin-fixed paraffin-embedded sample and cfDNA was 54.6% in early-stage NSCLC patients and 80% in advanced-stage NSCLC patients. The positive concordance rate was 44.4% and 71.4% in early-stage and advanced-stage patients, respectively. Using fresh frozen tumor samples did not improve the overall concordance rate between matched tumor tissue and cfDNA. Processing blood samples beyond 4 h after blood draw significantly decreased the detection rate of somatic mutations in cfDNA. Thus, the concordance rate between tumor tissue-based and ctDNA-based genotyping in clinical samples can be affected by multiple pre-analytical, analytical and biologic factors. Parallel NGS panel testing on both sample types for each patient may be warranted for effective guidance of cancer targeted therapies and possible early detection of cancer.