結核症の子供におけるALU反復元素のメチル化状態

背景：ALU反復元素（RES）におけるDNAメチル化の調査は、疾患状態下でのヒトゲノムの転写変化を調査するための有望な分野であることが示されました。ALUメチル化と子供の結核（TB）疾患との関連を精査するために、ALU DNAメチル化レベルの違いを健康なコントロールと比較しました。 方法：36個のTbに感染した子供と32人の健康なコントロールからの全血ゲノムDNAが分離され、ALU繰り返しDNAメチル化のレベルは、メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応によって調べられました。 結果：結核患者のALUメチル化レベルの中央値は30％（四分位範囲[IQR]、25-30％）でしたが、健康なコントロールでは75％（IQR、50-75％）でした（P <0.0001）。結核症例におけるALU REのDNAメチル化の中央値レベルは、健康なコントロールよりも有意に低かった。受信者動作特性曲線分析により、診断の曲線下の面積は0.969（95％信頼区間、0.936-1）（p <0.0001）であり、100％の感度と84％の特異性があることが示されました。 結論：我々の結果は、全血DNAにおけるALU DNAメチル化の検出は、小児の結核疾患の診断と予後のための臨床的に有用なツールである可能性があると指摘しています。

BACKGROUND: Investigation of DNA methylation in Alu repetitive elements (REs) was shown to be a promising field to explore transcriptional changes in human genome under disease condition. To scrutinize the association between Alu methylation and tuberculosis (TB) disease in children, the difference in Alu DNA methylation level was compared with healthy controls. METHODS: Whole-blood genomic DNA from 36 TB-infected children and 32 healthy controls was isolated, and the level of Alu repeat DNA methylation was examined by methylation-specific polymerase chain reaction. RESULTS: The median Alu methylation level in TB patients was 30% (Interquartile range [IQR], 25-30%), whereas in healthy controls, it was 75% (IQR, 50-75%) (P < 0.0001). The median level of DNA methylation of Alu RE in TB cases was significantly lower than healthy controls. Receiver operating characteristic curve analysis showed that the area under the curve for diagnosis was 0.969 (95% confidence interval, 0.936-1) (P < 0.0001), with 100% sensitivity and 84% specificity. CONCLUSION: Our results point out that detection of Alu DNA methylation in whole-blood DNA may be clinically useful tool for the diagnosis and prognosis of TB disease in children.