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Shotgun Metagenomicsは、人間の微生物叢を特徴付ける強力なプラットフォームです。ただし、そのような調査データを消費者関連の製品またはサービスに変換するには、堅牢なメタゲノミクスワークフローを使用することが重要です。メタゲノミクスワークフローのパフォーマンスを評価するためのツール - スパイクインDNAを提示します。スパイクインは、DNA抽出前にサンプルに追加された4：1の比率で、2つの生物のDNAです。有効なワークフローでは、これらの生物の相対存在量の出力比は4に近い必要があります。この期待は、多様性のさまざまなサンプル（n = 110）でテストされ、平均比は4.73（99％CI [4.0、5.24]でした。）。このツールは、ショットガンメタゲノミクスのワークフローの品質を評価するための関連するコミュニティリソースになると予想し、それによりマイクロバイオームの堅牢な特性評価を可能にします。
Shotgun Metagenomicsは、人間の微生物叢を特徴付ける強力なプラットフォームです。ただし、そのような調査データを消費者関連の製品またはサービスに変換するには、堅牢なメタゲノミクスワークフローを使用することが重要です。メタゲノミクスワークフローのパフォーマンスを評価するためのツール - スパイクインDNAを提示します。スパイクインは、DNA抽出前にサンプルに追加された4：1の比率で、2つの生物のDNAです。有効なワークフローでは、これらの生物の相対存在量の出力比は4に近い必要があります。この期待は、多様性のさまざまなサンプル（n = 110）でテストされ、平均比は4.73（99％CI [4.0、5.24]でした。）。このツールは、ショットガンメタゲノミクスのワークフローの品質を評価するための関連するコミュニティリソースになると予想し、それによりマイクロバイオームの堅牢な特性評価を可能にします。
Shotgun metagenomics is a powerful platform to characterize human microbiomes. However, to translate such survey data into consumer-relevant products or services, it is critical to have a robust metagenomics workflow. We present a tool - spike-in DNA - to assess performance of metagenomics workflows. The spike-in is DNA from two organisms - Alivibrio fischeri and Rhodopseudomonas palustris, in a ratio of 4:1 added to samples before DNA extraction. With a valid workflow, the output ratio of relative abundances of these organisms should be close to 4. This expectation was tested in samples of varying diversities (n = 110), and the mean ratio was 4.73 (99% CI [4.0, 5.24]). We anticipate this tool to be a relevant community resource for assessing the quality of shotgun metagenomics workflows and thereby enable robust characterization of microbiomes.
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