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Advances in experimental medicine and biology20180101Vol.1087issue()

円形RNAによる転写の調節

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
  • Review
概要
Abstract

円形RNA(CIRCRNA)は、種全体のさまざまな組織タイプに多種多様な細胞に存在する非コードRNAのクラスです。それらは、非ポリデニル化、一本鎖、共有結合閉じたRNAです。シルクナは、5インチまたは3 'の端が不足しているため、他のRNAよりも安定しています。シルクナの長さは、成熟したシルナのイントロンの保持を伴う1〜5のエクソンまで変化します。それらは主に細胞内のサイトゾルで見られますが、核輸出のメカニズムはとらえどころのないままです。ただし、核内に残り、RNA-POL-IIを介した転写を調節するシルクナの亜集団があります。バイオインフォマティックアプローチRNAシーケンスデータのマイニングアプローチにより、CIRCRNAのゲノム全体の同定が可能になりました。哺乳類のゲノムでは、細胞および組織で発現した遺伝子の20%以上を超えて、これらの転写産物を生成できます。豊富さ、安定性、および多様な発現プロファイルにより、シルクナは、さまざまな細胞タイプの系統の決定、細胞分化、および機能を制御する調節経路において極めて重要な役割を果たす可能性があります。しかし、さまざまな細胞トランスクリプトームに対するシルナ媒介レギュレーションの影響はほとんど不明のままです。この章では、独自の遺伝子または他の遺伝子の転写におけるシルナの調節効果をレビューします。また、ショウジョウバエCIRCMBLとその規制潜在的潜在的な転写に役割を果たす可能性のある「mRNAトラップ」としての役割を特に参照して、CIRCRNAとmiRNAおよびRNA結合タンパク質(RBPS)との関連について説明します。

円形RNA(CIRCRNA)は、種全体のさまざまな組織タイプに多種多様な細胞に存在する非コードRNAのクラスです。それらは、非ポリデニル化、一本鎖、共有結合閉じたRNAです。シルクナは、5インチまたは3 'の端が不足しているため、他のRNAよりも安定しています。シルクナの長さは、成熟したシルナのイントロンの保持を伴う1〜5のエクソンまで変化します。それらは主に細胞内のサイトゾルで見られますが、核輸出のメカニズムはとらえどころのないままです。ただし、核内に残り、RNA-POL-IIを介した転写を調節するシルクナの亜集団があります。バイオインフォマティックアプローチRNAシーケンスデータのマイニングアプローチにより、CIRCRNAのゲノム全体の同定が可能になりました。哺乳類のゲノムでは、細胞および組織で発現した遺伝子の20%以上を超えて、これらの転写産物を生成できます。豊富さ、安定性、および多様な発現プロファイルにより、シルクナは、さまざまな細胞タイプの系統の決定、細胞分化、および機能を制御する調節経路において極めて重要な役割を果たす可能性があります。しかし、さまざまな細胞トランスクリプトームに対するシルナ媒介レギュレーションの影響はほとんど不明のままです。この章では、独自の遺伝子または他の遺伝子の転写におけるシルナの調節効果をレビューします。また、ショウジョウバエCIRCMBLとその規制潜在的潜在的な転写に役割を果たす可能性のある「mRNAトラップ」としての役割を特に参照して、CIRCRNAとmiRNAおよびRNA結合タンパク質(RBPS)との関連について説明します。

Circular RNAs (circRNAs) are a class of noncoding RNA that are present in wide variety of cells in various tissue types across species. They are non-polyadenylated, single-stranded, covalently closed RNAs. CircRNAs are more stable than other RNAs due to lack of 5' or 3' end leading to resistance to exonuclease digestion. The length of circRNAs varies from 1 to 5 exons with retention of introns in mature circRNAs with ~25% frequency. They are primarily found in the cytosol within the cell although the mechanism of their nuclear export remains elusive. However, there is a subpopulation of circRNAs that remain in the nucleus and regulate RNA-Pol-II-mediated transcription. Bioinformatic approaches mining RNA sequencing data enabled genome-wide identification of circRNAs. In mammalian genome over 20% of the expressed genes in cells and tissues can produce these transcripts. Owing to their abundance, stability, and diverse expression profile, circRNAs likely play a pivotal role in regulatory pathways controlling lineage determination, cell differentiation, and function of various cell types. Yet, the impact of circRNA-mediated regulation on various cell transcriptome remains largely unknown. In this chapter, we will review the regulatory effects of circRNAs in the transcription of their own or other genes. Also, we will discuss the association of circRNAs with miRNAs and RNA-binding proteins (RBPs), with special reference to Drosophila circMbl and their role as an "mRNA trap," which might play a role in its regulatory potential transcriptionally or posttranscriptionally.

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