LNA修飾プライマーを使用した非常に敏感な1チューブネストされたリアルタイムRT-PCRアッセイ呼吸器合胞体ウイルスの検出のために

呼吸器合胞体ウイルス（RSV）は、世界中の深刻な気道感染を引き起こします。比較的低いRSV負荷により、虚弱、高齢者、重度の免疫に妥協した患者で検出することが困難です。本研究では、非常に高い感度、容易な操作性、および相互汚染の可能性が低いという利点を備えた、ロックされた核酸ベースの1チューブネストされたリアルタイムRT-PCR（OTNRT-PCR）アッセイを開発しました。OTNRT-PCRアッセイの感度、特異性、および臨床性能は、従来のTaqmanプローブベースのリアルタイムPCR（QRT-PCR）アッセイおよび従来の2段階ネストRT-PCRアッセイと並行して比較されました。OTNRT-PCRアッセイの検出限界は1.02×10-1 TCID50/mLで、従来の2段階のネストされたRT-PCRアッセイに相当し、QRT-PCRアッセイよりも25倍低かった。テストされた616個の鼻咽頭吸引剤のうち、QRT-PCRによる143個のRSV陰性サンプルが、OTNRT-PCR産物を配列決定することにより陽性として確認されました。したがって、OTNRT-PCRは臨床サンプルでRSVを検出するためにQRT-PCRよりも敏感であると結論付けています。

Respiratory syncytial virus (RSV) causes serious respiratory tract infection worldwide. The relatively low RSV load makes it difficult to detect in frail, elderly, and severely immune-compromised patients. In the present study, we developed a locked nucleic acid--based 1-tube nested real-time RT-PCR (OTNRT-PCR) assay with the advantages of extremely high sensitivity, facile operability, and less likelihood of cross-contamination. The sensitivity, specificity, and clinical performance of the OTNRT-PCR assay were compared in parallel with a conventional TaqMan probe-based real-time PCR (qRT-PCR) assay and a traditional 2-step nested RT-PCR assay. The limit of detection of the OTNRT-PCR assay was 1.02 × 10-1 TCID50/mL, equivalent to the traditional 2-step nested RT-PCR assay and 25-fold lower than the qRT-PCR assay. Of 616 nasopharyngeal aspirates tested, 143 RSV-negative samples by qRT-PCR were confirmed as positive by sequencing the OTNRT-PCR products. We therefore conclude that OTNRT-PCR is more sensitive than qRT-PCR for detection of RSV in clinical samples.