妊娠中の微生物叢分析のための患者とプロバイダーが収集した膣スワブの評価

目的：妊婦の患者とプロバイダーが収集した膣スワブが同様の細菌群集の特性を反映しているかどうかを評価することを目指しました。妊娠中の患者は、自己収集された膣スワブを行い、その後、鏡検査を介してプロバイダーが収集した綿棒を受けました。16S RRNA遺伝子V1V3およびV3V5可変領域のDNA蒸気をかけることを実施しました。分類群、アルファの多様性、および患者とプロバイダーが収集したスワブのベータ多様性の相対的な豊富さを比較しました。 結果：47人の女性からの94の膣スワブが分析されました。非メトリックな多次元スケーリングプロットでは、ペアの患者とプロバイダーが収集したスワブが密接にクラスター化されています。ピアソン相関係数の中央値は、V1V3で0.993（四分位範囲0.951-0.999）、V3V5で0.987（四分位範囲0.902-0.999）でした。ペアのV1V3およびV3V5シーケンスの中で、83.0％と73.9％がそれぞれ患者とプロバイダーが収集したスワブの間で、それぞれ強いピアソン相関（> 0.9）を示しました。ピアソン相関が弱い（<0.9）のV1V3およびV3V5配列は、それぞれ0.57-0.89および0.49-0.89の相関係数を有していました。サンプリング方法によって優先的に検出された分類群はありませんでした。ペアサンプル間のV1V3（P = 0.22）およびV3V5（P = 0.11）シーケンスのシャノン多様性に有意差は見られませんでした。妊婦の患者とプロバイダーが収集した膣スワブから定義された細菌群集は類似しており、妊娠中の膣細菌のマイクロビオームサンプリングのために患者が収集したスワブの利用を検証することを実証します。

OBJECTIVE: We aimed to evaluate if patient- and provider-collected vaginal swabs in pregnant women reflect similar bacterial community characteristics. Pregnant patients performed a self-collected vaginal swab, then underwent a provider-collected swab via speculum exam. DNA pyrosequencing of the 16S rRNA gene V1V3 and V3V5 variable regions was performed. Relative abundance of taxa, alpha diversity, and beta diversity of patient- and provider-collected swabs were compared. RESULTS: Ninety-four vaginal swabs from 47 women were analyzed. On non-metric multi-dimensional scaling plots, paired patient- and provider-collected swabs clustered closely. The median Pearson correlation coefficient was 0.993 (interquartile range 0.951-0.999) for V1V3 and 0.987 (interquartile range 0.902-0.999) for V3V5. Among paired V1V3 and V3V5 sequences, 83.0% and 73.9% showed strong Pearson correlation (> 0.9), respectively, between patient- and provider-collected swabs; V1V3 and V3V5 sequences with weaker Pearson correlation (< 0.9) had correlation coefficients 0.57-0.89 and 0.49-0.89, respectively. No taxa were preferentially detected by sampling method, with relative abundance of taxa highly conserved. No significant difference in Shannon diversity for V1V3 (p = 0.22) and V3V5 (p = 0.11) sequences among paired samples was seen. We demonstrate that bacterial communities defined from patient- and provider-collected vaginal swabs in pregnant women are similar, validating utilization of patient-collected swabs for vaginal bacterial microbiome sampling during pregnancy.