Calf胸腺からのHNRNP由来の一本鎖核酸結合タンパク質であるUP1のアミノ酸配列

子牛胸腺のUP1一本鎖核酸結合タンパク質（Herrick、G。＆Alberts、B.M。（1976）J。Biol。Chem。251、2124-2132）は、最近、A1ヘテロ酵素から派生したタンパク質分解断片であることが示されています。核リボ核タンパク質（HNRNP）（Pandolfo et al。（1985）核酸Res。13、6577-6590）。22,162 Dalton UP1タンパク質のNH2末端はブロックされているように見えます。これは、UP1がこの32,000 Dalton HNRNPタンパク質のNH2末端の3分の2を表していることを示唆しています。UP1の完全なアミノ酸配列は、トリプシン、キモトリプシン、黄色ブドウ球菌プロテアーゼ、エンドプロテイナーゼLys-C、およびブロマイドシアンを含むダイジェストからHPLCによって精製されたペプチドの自動配列決定に由来していました。トリクロロ酢酸沈着と2 M尿素の酵素消化がそれに続く、UP1ペプチドを生成するための最良のアプローチであることが証明されました。カルボキシメチル化により、以前ではなく、カルボキシメチル化UP1の不溶性に関連する問題を回避することが可能でした。2〜15 nmolの量の量の得られたすべてのペプチドは、固相シーケンスの前にアミノポリスチレンに結合されました。これらの方法を使用して、グルタミン酸残基の割り当てや、最大25〜30の残基を含む完全に配列決定することで困難は発生しませんでした。UP1タンパク質がシーケンスされた相対的な容易さは、完了するのに約1年しか必要ありません。5mg未満の比較的控えめな量のタンパク質は、水溶性カルボジイミドの結合と固相シーケンスの有用性を証明しています。タンパク質の一次構造。さまざまな哺乳類の一本鎖核酸結合タンパク質間の構造的関係を決定するための基礎として機能することに加えて、UP1のアミノ酸配列は、A1 hnRNPタンパク質に、明らかに2つの独立した核酸結合に対応する内部配列相同性の領域が含まれていることを明らかにします。サイト。

The UP1 single-stranded nucleic acid binding protein from calf thymus (Herrick, G. & Alberts, B.M. (1976) J. Biol. Chem. 251, 2124-2132) has recently been shown to be a proteolytic fragment derived from the A1 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP) (Pandolfo et al. (1985) Nucleic Acids Res. 13, 6577-6590). The NH2-terminus of the 22,162 dalton UP1 protein appears to be blocked, which suggests that UP1 represents the NH2-terminal two thirds of this 32,000 dalton hnRNP protein. The complete amino acid sequence for UP1 was derived from automated sequencing of peptides that were purified by HPLC from digests with trypsin, chymotrypsin, Staphylococcus aureus protease, endoproteinase Lys-C, and cyanogen bromide. Trichloroacetic acid precipitation followed by enzymatic digestion in 2 M urea proved to be the best approach for generating UP1 peptides. By carboxymethylating after, rather than before, digestion it was possible to avoid problems associated with the insolubility of the carboxymethylated UP1. All of the resulting peptides in amounts varying from 2 to 15 nmol were coupled to aminopolystyrene prior to solid-phase sequencing. Using these methods, no difficulties were encountered in assigning glutamic acid residues or in completely sequencing peptides that contained up to 25-30 residues. The relative ease with which the UP1 protein was sequenced, requiring only about a year to complete, and the comparatively modest amount of protein required, less than 5 mg, attests to the usefulness of water soluble carbodiimide coupling and solid-phase sequencing for determining the primary structures of proteins. In addition to serving as a basis for determining structural relationships among various mammalian single-stranded nucleic acid binding proteins, the amino acid sequence of UP1 reveals that the A1 hnRNP protein contains a region of internal sequence homology that apparently corresponds to two independent nucleic acid binding sites.