RPFDB V20：リボソームプロファイリングから生成された翻訳されたmRNAのゲノム全体の情報のための更新されたデータベース

RPFDB（http://www.rpfdb.orgまたはhttp://sysbio.sysu.edu.cn/rpfdb）は、リボソームプロファイリング（RIBO-SEQ）データをホスティング、分析、視覚化するためのパブリックデータベースです。2015年の最初のリリース以来、RIBO-seq技術の人気が高まっているため、新しいRIBO-seqデータの量はかなり拡大されています。ここでは、更新されたバージョンであるRPFDB V2.0について説明します。これは、重要なデータ拡張、機能の改善、機能の最適化をもたらします。以前のバージョンの82の研究と8種の777データセットとの比較。（ii）RIBO-seqデータの前処理と整列を改善するために、マルチステップの品質コントロールを備えた洗練された分析パイプラインが適用されています。（iii）各リボースクデータにアクティブに翻訳されたオープンリーディングフレーム（ORF）情報を提供するために、新しい機能モジュールが追加されています。（iv）データベースの使いやすさを向上させるために、より多くの機能が利用可能になりました。これらの追加と拡張により、RPFDB V2.0は、遺伝子調節コミュニティにとってより価値があり包括的なデータベースを表します。

RPFdb (http://www.rpfdb.org or http://sysbio.sysu.edu.cn/rpfdb) is a public database for hosting, analyzing and visualizing ribosome profiling (ribo-seq) data. Since its initial release in 2015, the amount of new ribo-seq data has been considerably enlarged with the increasing popularity of ribo-seq technique. Here, we describe an updated version, RPFdb v2.0, which brings significant data expansion, feature improvements, and functionality optimization: (i) RPFdb v2.0 currently hosts 2884 ribo-seq datasets from 293 studies, covering 29 different species, in comparison with 777 datasets from 82 studies and 8 species in the previous version; (ii) A refined analysis pipeline with multi-step quality controls has been applied to improve the pre-processing and alignment of ribo-seq data; (iii) New functional modules have been added to provide actively translated open reading frames (ORFs) information for each ribo-seq data; (iv) More features have been made available to increase database usability. With these additions and enhancements, RPFdb v2.0 will represent a more valuable and comprehensive database for the gene regulation community.