隣接するリジン残基の可逆的共有結合修飾によるタンパク質リガンドの親和性向上

目的のタンパク質標的にアミノ酸残基と可逆的な共有結合を形成できるタンパク質リガンドの発見は、強力な小分子阻害剤の発見のための一般的な戦略を表している可能性があります。1 H NMR技術を使用してリジンとの反応によりイミンを形成する異なる芳香族アルデヒドの能力を分析しました。2-ヒドロキシベンツアルデヒド誘導体は、ミリモル濃度範囲でイミンを効率的に形成することがわかった。これらのベンズアルデヒド誘導体は、同族のタンパク質標的に対するタンパク質リガンドの結合親和性を高める可能性があります。アフィニティの成熟は、2つの相補的なロックされた核酸鎖にリガンドおよびアルデヒド部分を表示するだけでなく、単一の小分子リガンドに結合断片を組み込むことによっても達成されました。アフィニティゲインは、リジン残基がリガンド結合部位のすぐ近くにアクセスできる場合にのみ観察され、モル過剰のヒドロキシルアミンで消光することで廃止される可能性があります。

The discovery of protein ligands, capable of forming a reversible covalent bond with amino acid residues on a protein target of interest, may represent a general strategy for the discovery of potent small-molecule inhibitors. We analyzed the ability of different aromatic aldehydes to form imines by reaction with lysine using 1 H NMR techniques. 2-Hydroxybenzaldehyde derivatives were found to efficiently form imines in the millimolar concentration range. These benzaldehyde derivatives could increase the binding affinity of protein ligands towards the cognate protein target. Affinity maturation was achieved not only by displaying ligand and aldehyde moieties on two complementary locked nucleic acid strands but also by incorporating the binding fragments in a single small-molecule ligand. The affinity gain was only observed when lysine residues were accessible in the immediate surroundings of the ligand-binding site and could be abrogated by quenching with a molar excess of hydroxylamine.