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Virus research2019Jan02Vol.259issue()

C型肝炎ウイルスの有病率NS5a耐性感染における耐性感染における遺伝子型1:Genbankの堆積シーケンスに基づくプール分析

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文献タイプ:
  • Journal Article
概要
Abstract

はじめに:C型肝炎ウイルス(HCV)のNS5A遺伝子における耐性関連置換(RASS)は、NS5A阻害剤含有レジメンに対する反応の予測因子の1つとして研究されています。この研究の目的は、GenBankから回収された慢性HCV遺伝子型1(HCV-1)感染症の患者からのHCV分離株における自然発生前のNS5A RASSの前処理の有病率を評価することを目的としています。 方法:検索手順では、GenBankで公開されたHCV-1 NS5Aシーケンスを含む研究をスクリーニングし、プール分析に含めるために評価されました。含まれた研究の配列はGenBankから取得され、アミノ酸位置24、26、28、29、30、31、32、38、58、62、92、93の代替について評価されました。 結果:プール分析では、HCV-1感染患者からの2409個の分離株が含まれ、1305(54.2%)HCV-1Aおよび1104(45.8%)HCV-1B分離株が含まれています。NS5a RassとRass> 100xの有病率は、それぞれ16.0%(95%CI = 14.6%-17.5%)および4.7%(95%CI = 3.9%-5.6%)でした。NS5A RASSは、HCV-1A分離株よりもHCV-1B分離株でより頻繁に観察されました(P <0.001)。 結論:HCV-1感染症の患者の少数(4.7%)の数(4.7%)数で、自然に発生するHCV NS5A Rass(Rass> 100x)が観察されます。

はじめに:C型肝炎ウイルス(HCV)のNS5A遺伝子における耐性関連置換(RASS)は、NS5A阻害剤含有レジメンに対する反応の予測因子の1つとして研究されています。この研究の目的は、GenBankから回収された慢性HCV遺伝子型1(HCV-1)感染症の患者からのHCV分離株における自然発生前のNS5A RASSの前処理の有病率を評価することを目的としています。 方法:検索手順では、GenBankで公開されたHCV-1 NS5Aシーケンスを含む研究をスクリーニングし、プール分析に含めるために評価されました。含まれた研究の配列はGenBankから取得され、アミノ酸位置24、26、28、29、30、31、32、38、58、62、92、93の代替について評価されました。 結果:プール分析では、HCV-1感染患者からの2409個の分離株が含まれ、1305(54.2%)HCV-1Aおよび1104(45.8%)HCV-1B分離株が含まれています。NS5a RassとRass> 100xの有病率は、それぞれ16.0%(95%CI = 14.6%-17.5%)および4.7%(95%CI = 3.9%-5.6%)でした。NS5A RASSは、HCV-1A分離株よりもHCV-1B分離株でより頻繁に観察されました(P <0.001)。 結論:HCV-1感染症の患者の少数(4.7%)の数(4.7%)数で、自然に発生するHCV NS5A Rass(Rass> 100x)が観察されます。

INTRODUCTION: Resistance-associated substitutions (RASs) in the NS5A gene of hepatitis C virus (HCV) has been studied as one of the predictors of response to NS5A inhibitor-containing regimens. This study aimed to evaluate the prevalence of pre-treatment naturally-occurring NS5A RASs in HCV isolates from patients with chronic HCV genotype 1 (HCV-1) infection retrieved from GenBank. METHODS: In the search procedure, the studies with published HCV-1 NS5A sequence in GenBank were screened and evaluated for inclusion in the pooled analysis. The sequences of the included studies were retrieved from GenBank and evaluated for substitutions in amino acid positions24, 26, 28, 29, 30, 31, 32, 38, 58, 62, 92 and 93 of HCV NS5A including RASs and RASs conferring >100 resistance fold change (RASs >100X). RESULTS: In the pooled analysis, 2409 isolates from patients with HCV-1 infection were included, consisting 1305 (54.2%) HCV-1a and 1104 (45.8%) HCV-1b isolates. The prevalence of NS5A RASs and RASs >100X were 16.0% (95%CI = 14.6%-17.5%) and 4.7% (95%CI = 3.9%-5.6%), respectively. The NS5A RASs were more frequently observed in HCV-1b isolates than in HCV-1a isolates (P < 0.001). CONCLUSION: The naturally-occurring HCV NS5A RASs especially those with clinical relevance (RASs >100X) are observed in a small (4.7%) number of patients with HCV-1 infection.

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