合成、ホモロマティックトリペプチド（YYY）による二本鎖DNAの分子認識：分光および熱量測定研究

モデル二本鎖（DS）DNA（ds）DNA（CT-DNA）とのホモアロマティクストリペプチド、H-Tyr-Tyr-Tyr-OH（YYY）の分子間相互作用は、さまざまな生物生物学的技術とともに等温滴定カロリメトリック（ITC）法とともに調査されました。蛍光、時間相関単一光子カウント（TCSPC）および循環二色性（CD）分光法など。YYYからCT-DNAへの結合親和性[25°Cでのlog（k）]は、≈4.3として計算されます。YYYのDS-DNAへの結合モードは、蛍光インターカレータ変位（FID）アッセイ、融解温度分析、粘度測定、塩誘起蛍光消光研究によって解明されます。研究は、YYYがCT-DNAの溝を認識することを確立しています。温度依存のITC研究は、結合相互作用が熱力学的に好ましいことを示しています。エンタルピーとエントロピーの間の補償は、全体的なギブス自由エネルギーの変化につながり、ほぼ不変です。最後に、DS-DNAを認識するYYYの一般性は、他のモデルDS-DNA DS26で分析されており、YYYのCT-DNAとしてのほぼ同様の結合親和性が明らかになりました。この研究では、ホモロマティックトリペプチドとDS-DNAの相互作用の分光および熱量測定の両方の洞察を解明し、DNA標的薬としての将来の用途の約束を保持します。

The intermolecular interactions of a homoaromatic tripeptide, H-Tyr-Tyr-Tyr-OH (YYY) with model double-stranded (ds) DNA (ct-DNA) have been investigated by isothermal titration calorimetric (ITC) method along with various biophysical techniques such as fluorescence, time correlated single photon counting (TCSPC) and circular dichroism (CD) spectroscopy. The binding affinity [log (K) at 25 °C] of the YYY to ct-DNA is calculated as ≈4.3. The binding mode of the YYY to ds-DNA is elucidated by fluorescence intercalator displacement (FID) assay, melting temperature analysis, viscosity measurement and salt-induced fluorescence quenching study. The studies establish that the YYY recognizes the groove of the ct-DNA. The temperature dependent ITC studies show that the binding interaction is thermodynamically favourable. The compensation between enthalpy and entropy leads to the overall Gibbs free energy change almost invariant. Finally, the generality of the YYY to recognize ds-DNA has been analyzed with other model ds-DNA, ds26, which reveals almost similar binding affinity of the YYY as ct-DNA. The studies elucidate both the spectroscopic and calorimetric insight of the interactions of a homoaromatic tripeptide with ds-DNA and hold the promise of future applications as DNA targeting drug.