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Cistrome Data Browser（DB）は、転写因子結合部位のゲノム全体の位置をマッピングするChip-seq、DNase-seq、およびATAC-seqクロマチンプロファイリングアッセイに由来するヒトおよびマウスのシス調節情報のリソースです。 - エンドヌクレアーゼ活性がアクセス可能なクロマチンの翻訳修飾と領域。現在、Cistrome DBには、2年前の以前のリリースと比較して、約24,000の新しく収集されたデータセットを持つ約47,000のヒトおよびマウスのサンプルが含まれています。さらに、Cistrome DBには、ユーザーが大規模なチップセック、DNase-Seq、およびATAC-seqデータをよりよく利用できるようにするいくつかの機能を備えた新しいツールキットモジュールがあります。まず、ユーザーは、関心のある特定の遺伝子を調節する可能性のある要因を照会できます。第二に、Cistrome DB Toolkitは、2MBより短い任意のゲノム間隔で因子結合、ヒストン修飾、およびクロマチンのアクセシビリティの検索を促進します。第三に、ツールキットは、ユーザーが提供するゲノム間隔セットとのゲノム間隔の重複の観点から、最も類似したチップセック、DNase-seq、およびATAC-seqサンプルを決定できます。Cistrome DBは、ユーザーフレンドリーで最新の、適切にメンテナンスされたリソースであり、新しいツールは生物医学研究コミュニティに大きな利益をもたらします。データベースはhttp://cirtome.org/dbで無料で入手でき、ツールキットはhttp://dbtoolkit.cirtome.orgにあります。
Cistrome Data Browser（DB）は、転写因子結合部位のゲノム全体の位置をマッピングするChip-seq、DNase-seq、およびATAC-seqクロマチンプロファイリングアッセイに由来するヒトおよびマウスのシス調節情報のリソースです。 - エンドヌクレアーゼ活性がアクセス可能なクロマチンの翻訳修飾と領域。現在、Cistrome DBには、2年前の以前のリリースと比較して、約24,000の新しく収集されたデータセットを持つ約47,000のヒトおよびマウスのサンプルが含まれています。さらに、Cistrome DBには、ユーザーが大規模なチップセック、DNase-Seq、およびATAC-seqデータをよりよく利用できるようにするいくつかの機能を備えた新しいツールキットモジュールがあります。まず、ユーザーは、関心のある特定の遺伝子を調節する可能性のある要因を照会できます。第二に、Cistrome DB Toolkitは、2MBより短い任意のゲノム間隔で因子結合、ヒストン修飾、およびクロマチンのアクセシビリティの検索を促進します。第三に、ツールキットは、ユーザーが提供するゲノム間隔セットとのゲノム間隔の重複の観点から、最も類似したチップセック、DNase-seq、およびATAC-seqサンプルを決定できます。Cistrome DBは、ユーザーフレンドリーで最新の、適切にメンテナンスされたリソースであり、新しいツールは生物医学研究コミュニティに大きな利益をもたらします。データベースはhttp://cirtome.org/dbで無料で入手でき、ツールキットはhttp://dbtoolkit.cirtome.orgにあります。
The Cistrome Data Browser (DB) is a resource of human and mouse cis-regulatory information derived from ChIP-seq, DNase-seq and ATAC-seq chromatin profiling assays, which map the genome-wide locations of transcription factor binding sites, histone post-translational modifications and regions of chromatin accessible to endonuclease activity. Currently, the Cistrome DB contains approximately 47,000 human and mouse samples with about 24,000 newly collected datasets compared to the previous release two years ago. Furthermore, the Cistrome DB has a new Toolkit module with several features that allow users to better utilize the large-scale ChIP-seq, DNase-seq, and ATAC-seq data. First, users can query the factors which are likely to regulate a specific gene of interest. Second, the Cistrome DB Toolkit facilitates searches for factor binding, histone modifications, and chromatin accessibility in any given genomic interval shorter than 2Mb. Third, the Toolkit can determine the most similar ChIP-seq, DNase-seq, and ATAC-seq samples in terms of genomic interval overlaps with user-provided genomic interval sets. The Cistrome DB is a user-friendly, up-to-date, and well maintained resource, and the new tools will greatly benefit the biomedical research community. The database is freely available at http://cistrome.org/db, and the Toolkit is at http://dbtoolkit.cistrome.org.
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