クロスプラットフォームのサイトメトリーデータ共有のCytoml

CytOMLは、ゲート化されたサイトメトリーデータのクロスプラットフォームのインポート、エクスポート、および共有を可能にするR/BioConductorパッケージです。現在、Cytobank、FlowJo、Diva、およびRをサポートしているため、ユーザーはGated Cytometryデータを商用プラットフォームからRにインポートできます。Rでデータが利用可能になると、データをさらに操作できます。たとえば、他の計算および分析的アプローチと組み合わせることができ、結果をFlowjoまたはCytobankにエクスポートして、これらのプラットフォームを使用して研究者が調査することができます。Cytomlおよび関連Rパッケージを、Flowcap IVリョプレートデータセットからT細胞パネルで染色したいくつかのサンプルをインポート、変更、エクスポートするツールとしてどのように使用できるかを示します。インポートすると、ゲーティングは計算アプローチを使用して変更され、CytobankおよびFlowjoでの視覚化のためにエクスポートされます。さらに、CytOMLを使用して、Cytobankからの公開可能な質量サイトメトリー実験からゲートデータをインポートする方法を示します。CyTOMLは、さまざまなプラットフォームで作業している研究者間でゲート化された細胞測定データのこのような共有を可能にする唯一のツールであり、分析の再現性を検証および検証するための有用なツールとして機能します。©2018著者。サイトメトリーパートA Wiley Reprionicals、Inc。が発行した国際進歩協会を代表して。

CytoML is an R/Bioconductor package that enables cross-platform import, export, and sharing of gated cytometry data. It currently supports Cytobank, FlowJo, Diva, and R, allowing users to import gated cytometry data from commercial platforms into R. Once data are available in R, the data can be further manipulated. For example it can be combined with other computational and analytic approaches, and the results can be exported to FlowJo or Cytobank to be explored by researchers using those platforms. We demonstrate how CytoML and related R packages can be used as a tool to import, modify and export several samples stained with the T cell panel from the FlowCAP IV Lyoplate data set. Once imported, the gating is modified using computational approaches, and exported for visualization in Cytobank and FlowJo. We further show how CytoML can be used to import gated data from a publicly accessible mass cytometry experiment from Cytobank. CytoML is the only tool that allows such sharing of gated cytometry data between researchers working across different platforms, and it will serve as a useful tool for validating and verifying the reproducibility of analyses. © 2018 The Authors. Cytometry Part A published by Wiley Periodicals, Inc. on behalf of International Society for Advancement of Cytometry.