肝細胞癌の新規バイオマーカー候補としての代替スプライシングアイソフォームの識別と検証

代替スプライシング（AS）は、癌の複数の側面に関与する転写調節メカニズムです。本研究の目的は、腫瘍および非腫瘍サンプルからのイベントとしての差異を特定し、候補癌診断バイオマーカーの源としての可能性を調査することを目的としています。3つのペア肝細胞癌（HCC）腫瘍と隣接する非腫瘍の深部RNAシーケンスを適用して、イベントとして同定しました。RT -QPCRは、スプライシングの違いを検証するために、45のHCC臨床サンプルで実行されました。最大情報係数は、最初に臨床的特徴とASの変化との関連を構築するために使用されました。197の大幅に差別的なスキップエクソンイベントを特定しましたが、そのうち29％が差次的に発現した遺伝子と重複していました。差次的にスプライスされた遺伝子は、主にHCC特性化された生物学的プロセスと経路で濃縮され、腫瘍を非腫瘍からはっきりと分離しました。また、候補としての3つの統計的に有意なスプライシングの違いを検証しました（CEACAM1エクソン7、VPS29エクソン2およびISOC2エクソン3）。さらに、臨床病理学的分析では、癌膜胚胚抗原関連細胞接着分子1（CEACAM1）エクソン7が生存時間と有意に相関し、VPS29エクソン2が細胞分化段階と関連していることが明らかになりました。結論として、本研究の候補者としての3人の調査結果は、HCCの予後と新しい治療戦略に有益である可能性があります。

Alternative splicing (AS) is a transcriptional regulation mechanism that participates in multiple aspects of cancer. The present study aimed to identify differential AS events from tumor and non‑tumor samples and investigate the potential of AS as a source of candidate cancer diagnostic biomarkers. Deep RNA sequencing of three paired hepatocellular carcinoma (HCC) tumors and adjacent non‑tumors was applied to identify AS events. RT‑qPCR was performed on 45 HCC clinical samples to validate the splicing differences. The maximal information coefficient was first used to build an association between clinical features and AS changes. We identified 197 significantly differential skipped exon events, of which only 29% overlapped with the differentially expressed genes. The differentially spliced genes were mainly enriched in HCC‑characterized biological processes and pathways, clearly separating tumors from non‑tumors. We also validated the statistically significant splicing differences of three AS candidates (CEACAM1 exon 7, VPS29 exon 2 and ISOC2 exon 3). Furthermore, a clinicopathological analysis revealed that carcinoembryonic antigen‑related cell adhesion molecule 1 (CEACAM1) exon 7 was significantly correlated with the survival time, and VPS29 exon 2 was associated with cell differentiation stages. In conclusion, the findings of the three AS candidates in the present study could be beneficial in HCC prognosis and new treatment strategies.