FFPE由来RNAの実行可能な使用のためのフレーム条件を設定する

はじめに：ホルマリン固定パラフィン埋め込み（FFPE）組織の使用は、その長い貯蔵寿命と単純な取り扱いによって特徴付けられます。したがって、それは日常的な診断と組織学的研究で最も一般的に利用可能な組織標本です。ホルムアルデヒド固定により、RNA分解が生じ、タンパク質との交差リンクが発生する可能性がありますが、貯蔵条件もRNAの完全性に影響します。本研究は、RNA分析に対するこれらの要因の影響を調査するために設計されました。 設計：自発的な気胸患者23人の患者のセクションからのFFPE由来RNAを使用しました。FFPE組織の染色されていない切片は、RNA抽出の前にさまざまな温度（-80°C、-20°C、4°C、24°C）で保存されました。半自動および手動RNA分離のRNA品質と3つの異なる脱パラフィン剤（ミネラルオイル、キシレン、D-リモネン）の潜在的な影響を比較しました。 結果：FFPEセクションの貯蔵温度は、RNA濃度と断片化に影響し、最適な貯蔵温度は-20°C未満です。D-リモネンで抽出されたRNAは、より有毒な標準薬剤を使用して抽出されたRNAに相当する品質を示しています。手動の分離は、半自動分離と比較してより高いRNA収率を提供します。ただし、より長いRNAフラグメントの量に違いは観察されませんでした。さらに、半自動分離はRNA品質の向上を示しました。 結論：RNA抽出に直接使用されていないFFPEセクションは、RNAの品質と収率を高めるために-20°C未満で保存する必要があります。半自動分離を使用すると、優れた結果が生成され、実践時間が少ないことで日常のプロセスが簡素化されます。D-リモネンによる毒性キシレンの置換は、分析結果に影響を与えない一方で、職業的安全性の向上に寄与する可能性があります。

INTRODUCTION: The usage of formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tissue is characterized by its long shelf-life and simple handling. Therefore it is the most commonly available tissue specimen in routine diagnostics and histological studies. Formaldehyde fixation may result in RNA degradation and cross linking with proteins, while storage conditions also affect RNA integrity. The present study was designed to investigate the influence of these factors on RNA analysis. DESIGN: FFPE-derived RNA from sections of 23 patients with spontaneous pneumothoraxes was used. Unstained sections of FFPE tissue were stored at various temperatures (-80 °C, -20 °C, 4 °C, 24 °C) prior to RNA extraction. The potential impact on RNA quality of semi-automatic and manual RNA isolation and three different deparaffinization agents (mineral oil, xylene and d-limonene) were compared. RESULTS: The storage temperature of FFPE sections affects RNA concentration and fragmentation, with the optimal storage temperature below -20 °C. The RNA extracted with d-limonene shows equivalent quality to the RNA extracted using more toxic standard agents. The manual isolation provides a higher RNA yield compared to the semi-automatic isolation. However, no differences in the amount of longer RNA fragments were observed. Furthermore, the semi-automatic isolation showed an enhanced RNA quality. CONCLUSION: FFPE sections not directly used for RNA extraction should be stored below -20 °C to increase quality and yield of the RNA. Usage of semi-automatic isolation produces superior results and simplifies routine processes by having less hands-on-time. Replacement of toxic xylene by d-limonene may contribute to improved occupational safety while not influencing analytical results.