オリゴヌクレオチドのイオンペアリバーシング相液体クロマトグラフィー/高解像度エレクトロスプレーイオン化質量分析分析のためのカウンターアニオンとしてのフルオロアルコールの役割

理論的根拠：ヘキサフルオロイソプロパノール（HFIP）は、オリゴヌークレオチドのイオン対逆相液体クロマトグラフィー/質量分析（IP-RP-LC/MS）分析の移動相のカウンターアニオンとして広く使用されています。しかし、研究者はまだオリゴヌクレオチドのLC/MS分析のための陰イオンに対抗するための改善を探しています。この研究は、オリゴヌクレオチドを分析するためのHFIPの代替品を見つけることを目的としています。 方法：この研究は、オリゴヌクレオチドBeh C18カラム（100×2.1 mm、1.7μm）を使用して、アジャレント6540質量分析計に結合したアジレント1290超高性能液体クロマトグラフィ（UHPLC）システムを使用して実施されました。イオン - ペアリング試薬（トリエチルアミン、トリプロピルアミン、ヘキシルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、N、N、N、ジイメチルシクロヘキシルアミン、オクチルアミン、およびオクチルアミン）を含む緩衝系およびフルオロアルコール（HFIPおよびヘキソフルオロイロプロパン層（HFIP）は（HfIP）と比較されました（HFIP）。分光的に。 結果：結果は、HFTPがHFIPよりも脱塩能力が優れていることを示しましたが、HFIPとHFTPの両方が、トリエチルアミンとN、N-ジメチルシクロヘキシルアミンニーニンのほとんどを除いて、ほとんどのイオンペアリアリング試薬で10MERから40MERのオリゴヌクレオチドの分離に匹敵する影響を及ぼします。、HFIPはHFTPよりも優れたパフォーマンスを発揮しました。 結論：オリゴヌクレオチドのIP-RP-LC/MS分析におけるフルオロアルコールの選択は、移動相で使用されるイオンペアリング試薬のタイプに依存します。ガイドラインとして、小さなオリゴヌクレオチドにはHA-HFIPまたはHA-HFTPを使用することをお勧めしますが、合成オリゴヌクレオチドのIP-RP-LC/MS分析には大型オリゴヌクレオチドにはTPA-HFTPを使用することをお勧めします。

RATIONALE: Hexafluoroisopropanol (HFIP) has been widely used as a counter anion in the mobile phase for ion-pairing reversed-phase liquid chromatography/mass spectrometry (IP-RP-LC/MS) analysis of oligonucleotides. However, researchers are still searching for improvements to counter anions for LC/MS analysis of oligonucleotides. This study aimed to find alternatives to HFIP for analyzing oligonucleotides. METHODS: The study was performed using an Agilent 1290 ultra-high-performance liquid chromatography (UHPLC) system coupled to an Agilent 6540 mass spectrometer by using an oligonucleotide BEH C18 column (100 × 2.1 mm, 1.7 μm). Buffer systems containing ion-pairing reagents (triethylamine, tripropylamine, hexylamine, dimethylbutylamine, diisopropylethylamine, N,N-dimethylcyclohexylamine, and octylamine) and fluoroalcohols (HFIP and hexafluoro-2-methyl-2-propanol (HFTP)) were compared chromatographically and mass spectrometrically. RESULTS: Results showed that HFTP has better desalting ability than HFIP, but both HFIP and HFTP have comparable effects on the separation of oligonucleotides sized from 10mer to 40mer for most of ion-pairing reagents, with the exception of triethylamine and N,N-dimethylcyclohexylamine, where HFIP performed better than HFTP. CONCLUSIONS: The choice of fluoroalcohols in IP-RP-LC/MS analysis of oligonucleotides depends on the type of ion-pairing reagents used in the mobile phase. As a guideline, we would recommend to use either HA-HFIP or HA-HFTP for small oligonucleotides, but TPA-HFTP for large oligonucleotides for IP-RP-LC/MS analysis of synthetic oligonucleotides.