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分子動力学シミュレーションは、薬物化合物の化学空間の大部分に及ぶ官能基の大部分に及ぶ官能基の同時存在を特徴とする、選択された有機分子の挑戦的なセットのための溶媒和自由エネルギーとオクタノール/水分配係数を計算するために実行されました。多くの場合、複雑な立体構造景色（2-プロポキシエタノール、アセチルサリチル酸、シクロヘキサナミン、指、ケトプロフェン、ニトラリン、プロフラルン、テルバシル）によって。OPLS-AAおよびGAFF2有機分子と1-オクタノールのパラメータ化は、Webベースの自動パラメータージェネレーターであるLigpargen [Dodda et al。Nucl。Acids Res。2017、121、3864]およびPrimadorac [Procacci J. Chem。Inf。モデル。それぞれ2017、57、1240]、それぞれ。水溶媒では、3つの一般的な3点サイトモデル、TIP3P、SPCE、およびOPC3をテストしました。水中の溶媒和遊離エネルギーと1-オクタノールは、最近開発された非平衡錬金術技術を使用して評価されます[Procacci et al。J. Chem。理論コンピューター。2014、10、2813]。有機分子、溶媒、および溶媒モデルのすべての可能な組み合わせを含む広範かつ正確なシミュレーションは、2つの広範な力場、OPLS、およびGAFFの最新リリースの溶媒和自由エネルギーに関する精度を評価することができます。収集されたデータは、産業用途向けの薬物受容体システムにおける自由エネルギーを結合することに関して、これらの古典的な力場（および自動パラメーター化のための関連するサポートソフトウェア）の予測力の評価に関連しています。
分子動力学シミュレーションは、薬物化合物の化学空間の大部分に及ぶ官能基の大部分に及ぶ官能基の同時存在を特徴とする、選択された有機分子の挑戦的なセットのための溶媒和自由エネルギーとオクタノール/水分配係数を計算するために実行されました。多くの場合、複雑な立体構造景色（2-プロポキシエタノール、アセチルサリチル酸、シクロヘキサナミン、指、ケトプロフェン、ニトラリン、プロフラルン、テルバシル）によって。OPLS-AAおよびGAFF2有機分子と1-オクタノールのパラメータ化は、Webベースの自動パラメータージェネレーターであるLigpargen [Dodda et al。Nucl。Acids Res。2017、121、3864]およびPrimadorac [Procacci J. Chem。Inf。モデル。それぞれ2017、57、1240]、それぞれ。水溶媒では、3つの一般的な3点サイトモデル、TIP3P、SPCE、およびOPC3をテストしました。水中の溶媒和遊離エネルギーと1-オクタノールは、最近開発された非平衡錬金術技術を使用して評価されます[Procacci et al。J. Chem。理論コンピューター。2014、10、2813]。有機分子、溶媒、および溶媒モデルのすべての可能な組み合わせを含む広範かつ正確なシミュレーションは、2つの広範な力場、OPLS、およびGAFFの最新リリースの溶媒和自由エネルギーに関する精度を評価することができます。収集されたデータは、産業用途向けの薬物受容体システムにおける自由エネルギーを結合することに関して、これらの古典的な力場（および自動パラメーター化のための関連するサポートソフトウェア）の予測力の評価に関連しています。
Molecular dynamics simulations have been performed to compute the solvation free energy and the octanol/water partition coefficients for a challenging set of selected organic molecules, characterized by the simultaneous presence of functional groups coarsely spanning a large portion of the chemical space in druglike compounds and, in many cases, by a complex conformational landscape (2-propoxyethanol, acetylsalicylic acid, cyclohexanamine, dialifor, ketoprofen, nitralin, profluralin, terbacil). OPLS-AA and GAFF2 parametrizations of the organic molecules and of 1-octanol have been done via the Web-based automatic parameter generators, LigParGen [ Dodda et al. Nucl. Acids Res. 2017 , 121 , 3864 ] and PrimaDORAC [ Procacci J. Chem. Inf. Model. 2017 , 57 , 1240 ], respectively. For the water solvent, three popular three-point site models, TIP3P, SPCE, and OPC3, were tested. Solvation free energies in water and 1-octanol are evaluated using a recently developed nonequilibrium alchemical technology [ Procacci et al. J. Chem. Theory Comput. 2014 , 10 , 2813 ]. Extensive and accurate simulations, including all possible combinations of organic molecule, solvent, and solvent model, are allowed to assess the accuracy with regard to solvation free energies of the latest release of two widespread force fields, OPLS and GAFF. The collected data are relevant in the evaluation of the predictive power of these classical force fields (and of the related support software for automated parametrization) with regard to binding free energies in a drug-receptor system for industrial applications.
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